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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ec5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the S210C (dimer) mutant from the N-terminal domain of the secretin XcpQ from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | General secretion pathway protein D | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / XcpQ / structural protein (タンパク質) / N-terminal domain of the secretin / periplasmic space (ペリプラズム) / outer membrane | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å | ||||||
データ登録者 | Van der Meeren, R. / Savvides, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: New Insights into the Assembly of Bacterial Secretins: STRUCTURAL STUDIES OF THE PERIPLASMIC DOMAIN OF XcpQ FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA. 著者: Van der Meeren, R. / Wen, Y. / Van Gelder, P. / Tommassen, J. / Devreese, B. / Savvides, S.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ec5.cif.gz | 152.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ec5.ent.gz | 127.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ec5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ec5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ec5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26535.959 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 35-277 / 変異: S210C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692/PAO1/1C/PRS 101/LMG 12228 / 遺伝子: xcpQ, PA3105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35818 #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.28 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 14% PEG8000, 0.2M Calcium acetate hydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.197→50 Å / Num. all: 22844 / Num. obs: 22248 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.197→46.602 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.277 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.197→46.602 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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