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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ec4 | ||||||
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タイトル | XIAP-BIR3 in complex with a potent divalent Smac mimetic | ||||||
要素 | Baculoviral IAP repeat-containing protein 4 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS INHIBITOR / zinc finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein serine/threonine kinase binding / regulation of innate immune response / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Regulation of PTEN localization / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Regulation of necroptotic cell death / Wntシグナル経路 / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / ubiquitin protein ligase activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / neuron apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mastrangelo, E. / Cossu, F. / Bolognesi, M. / Milani, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2012 タイトル: Structural insight into inhibitor of apoptosis proteins recognition by a potent divalent smac-mimetic. 著者: Cossu, F. / Milani, M. / Vachette, P. / Malvezzi, F. / Grassi, S. / Lecis, D. / Delia, D. / Drago, C. / Seneci, P. / Bolognesi, M. / Mastrangelo, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ec4.cif.gz | 471 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ec4.ent.gz | 390.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ec4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ec4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ec4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 10分子 ABCDEJFGKL
#1: タンパク質 | 分子量: 14122.637 Da / 分子数: 10 / 断片: BIR3 domain (UNP residues 241-356) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XIAP, API3, BIRC4, IAP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P98170, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
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-非ポリマー , 5種, 116分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-0O6 / ( #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9334 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→51.412 Å / Num. all: 28624 / Num. obs: 28624 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 最高解像度: 3.3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.508 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3CLX 解像度: 3.3→51.412 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU B: 56.742 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.545 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→51.412 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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