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Yorodumi- PDB-4e3x: Crystal Structure of Mus musculus 1-pyrroline-5-carboxylate dehyd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e3x | ||||||
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Title | Crystal Structure of Mus musculus 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase cryoprotected in proline | ||||||
Components | Delta-1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase, mitochondrial | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Amino Acid Metabolism / Proline Inhibition | ||||||
Function / homology | Function and homology information Proline catabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.24 Å | ||||||
Authors | Tanner, J.J. / Pemberton, T.A. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography. Authors: Pemberton, T.A. / Still, B.R. / Christensen, E.M. / Singh, H. / Srivastava, D. / Tanner, J.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4e3x.cif.gz | 451.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4e3x.ent.gz | 366.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4e3x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3x | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4e3uC 4e3vC 4e3wC 3v9jS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 61954.215 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Aldh4a1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) pLysS / References: UniProt: Q8CHT0, EC: 1.5.1.12 #2: Chemical | ChemComp-PRO / #3: Chemical | ChemComp-16P / | #4: Chemical | ChemComp-PGE / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.13 Å3/Da / Density % sol: 42.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.25 Details: 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 18, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.24→45.639 Å / Num. all: 279378 / Num. obs: 279378 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 4.1 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 3V9J Resolution: 1.24→40.4793 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.9065 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / Phase error: 16.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.375 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 42.41 Å2 / Biso mean: 12.6721 Å2 / Biso min: 4.98 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.24→40.4793 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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