+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dyv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase SDR from Xanthobacter autotrophicus Py2 | ||||||
要素 | Short-chain dehydrogenase/reductase SDR | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / Phenix_autosol / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Siedel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. ...Agarwal, R. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Siedel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Gizzi, A. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a short-chain dehydrogenase/reductase SDR from Xanthobacter autotrophicus Py2 著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dyv.cif.gz | 53.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4dyv.ent.gz | 41.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29104.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア) 株: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: Xaut_2039 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIPL / 参照: UniProt: A7IGZ0 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Na-acetate trihydrate, pH 4.6, 8% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 26195 / Num. obs: 26195 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 2501 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: Phenix_autosol / 解像度: 1.8→35.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.753 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.14 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.95 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
|