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万見
- PDB-4d62: Structure of the carboxy-terminal domain of the turkey type 3 sia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d62
タイトルStructure of the carboxy-terminal domain of the turkey type 3 siadenovirus fibre, avirulent form complexed with 3-sialyllactose.
要素FIBER KNOB DOMAIN
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) - #50 / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Avian adenovirus fibre, N-terminal / Adenovirus Type 5 Fiber Protein (Receptor Binding Domain) / Attachment protein shaft domain superfamily / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / 繊維
類似検索 - 構成要素
生物種AVIRULENT TURKEY HEMORRHAGIC ENTERITIS VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Singh, A.K. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2015
タイトル: Structure and Sialyllactose Binding of the Carboxy-Terminal Head Domain of the Fibre from a Siadenovirus, Turkey Adenovirus 3.
著者: Singh, A.K. / Berbis, M.A. / Ballmann, M.Z. / Kilcoyne, M. / Menendez, M. / Nguyen, T.H. / Joshi, L. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Benko, M. / Harrach, B. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2014年11月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBER KNOB DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9212
ポリマ－20,6121
非ポリマー3091
水32418
1
A: FIBER KNOB DOMAIN
ヘテロ分子

A: FIBER KNOB DOMAIN
ヘテロ分子

A: FIBER KNOB DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7646
ポリマ－61,8363
非ポリマー9283
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
Buried area8580 Å2
ΔGint-56.5 kcal/mol
Surface area16510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.310, 98.310, 98.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 FIBER KNOB DOMAIN / TURKEY ADENOVIRUS TYPE 3 FIBRE


分子量: 20611.973 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAD DOMAIN, RESIDUES 15-165 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AVIRULENT TURKEY HEMORRHAGIC ENTERITIS VIRUS (ウイルス)
解説: ARKO LABORATORIES, JEWELL IA, USA / Variant: AVIRULENT FORM / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2TLC1
#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 25 MM MORPHOLINO-ETHANESULFONIC ACID, 0.5-1.0M DIAMMONIUM PHOSPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.5-5.8, 0.2-0.3 M SODIUM CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月11日 / 詳細: TWO CYLINDRICAL VERTICAL FOCUSING PARABOLIC MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111), SI(311) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 5355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 44.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.96 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 12.19 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25413 261 4.6 %THIN SHELLS
Rwork0.19344 ---
obs0.19644 5355 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.906 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1092 0 21 18 1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.991540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77332612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1345137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.15424.1346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.66415202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.156157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1780.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0330.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1480.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4185.035551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4215.024550
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4577.523687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9215.566583
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9838.179853
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.634 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 43 -
Rwork0.283 768 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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