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- PDB-4d2l: Vaccinia Virus F1L bound to Bak BH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d2l
タイトルVaccinia Virus F1L bound to Bak BH3
要素
  • BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER
  • PROTEIN F1L
キーワードAPOPTOSIS (アポトーシス) / BIM / BAK
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / : / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus ...host cell mitochondrial outer membrane / Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / : / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / Release of apoptotic factors from the mitochondria / limb morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / mitochondrial fusion / fibroblast apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / thymocyte apoptotic process / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of proteolysis / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / animal organ regeneration / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / apoptotic signaling pathway / response to gamma radiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / : / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site ...Orthopoxvirus protein F1 / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator OPG045 / Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種VACCINIA VIRUS (ワクチニアウイルス)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å
データ登録者Kvansakul, M. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Structural Insight Into Bh3-Domain Binding of Vaccinia Virus Anti-Apoptotic F1L.
著者: Campbell, S. / Thibault, J. / Mehta, N. / Colman, P.M. / Barry, M. / Kvansakul, M.
履歴
登録2014年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22014年8月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN F1L
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4302
ポリマ－24,4302
非ポリマー00
水0
1
A: PROTEIN F1L
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER

A: PROTEIN F1L
B: BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8594
ポリマ－48,8594
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area9170 Å2
ΔGint-82.1 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.691, 116.691, 103.639
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN F1L


分子量: 21490.262 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 18-186 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) VACCINIA VIRUS (STRAIN ANKARA) (VACV) (ワクシニアウイルス)
プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: O57173
#2: タンパク質・ペプチド BCL-2 HOMOLOGOUS ANTAGONIST/KILLER / APOPTOSIS REGULATOR BAK / BCL-2-LIKE PROTEIN 7 / BCL2-L-7 / F1L


分子量: 2939.268 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 67-91 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET DUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYZS / 参照: UniProt: Q16611
配列の詳細I125F MUTATION WAS INTRODUCED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.18 M AMMONIUM SULFATE AND 2.25 M LICL., pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.74 Å / Num. obs: 9630 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 92.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 39.6
反射 シェル最高解像度: 2.9 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VTY

2vty


解像度: 2.903→38.745 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 454 4.7 %
Rwork0.2013 --
obs0.2025 9605 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.903→38.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 0 0 1309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.261789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.179502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9032-3.32320.30461550.26222976X-RAY DIFFRACTION100
3.3232-4.1860.21681520.21683013X-RAY DIFFRACTION100
4.186-38.7480.21741470.18353162X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3999-0.89380.20891.894-0.45360.0959-0.0566-1.4698-2.96862.14890.0693-0.0137-0.41591.3306-0.00571.4681-0.21260.25391.12290.15171.144528.275-36.5650.7741
21.64131.3908-1.45823.47141.47453.290.98380.32950.38570.0075-0.43870.64380.30220.1512-1.75490.99990.04240.19340.90380.19170.983926.8484-31.8142-16.0288
34.29920.7474-0.15271.8230.15852.41750.14420.23470.09740.21430.05990.4021-0.1583-0.2515-0.00340.74060.01190.14080.9189-0.05930.79117.6939-46.5591-12.6541
42.9006-1.1532-2.40791.6839-2.16032.9630.6330.24780.37640.1846-0.12850.0713-0.2869-0.49660.00810.62490.00050.10050.8769-0.01170.757710.7787-46.6103-16.1772
50.5313-0.1484-0.46361.2697-0.07220.48180.8205-2.1575-1.2647-0.97540.57070.51041.3818-1.63940.01880.8499-0.11970.00611.13270.23011.05811.5725-52.8084-6.0837
60.125-0.18560.30010.2642-0.32080.4754-0.0745-0.52961.3556-1.6877-0.11240.0641-0.4591-0.51350.02431.35660.46230.40671.89570.32671.5422-9.9526-42.4904-12.0823
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 49 THROUGH 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 58 THROUGH 80 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 81 THROUGH 139 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 140 THROUGH 186 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 54 THROUGH 70 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 71 THROUGH 76 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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