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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cy8 | ||||||
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タイトル | 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase (HbpA) in complex with FAD | ||||||
要素 | 2-HYDROXYBIPHENYL 3-MONOOXYGENASE2-ヒドロキシビフェニル-3-モノオキシゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / BIOTRANSFORMATIONS / HYDROXYLATION (ヒドロキシル化) / FLAVIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS NITROREDUCENS HBP1 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Jensen, C.N. / Farrugia, J.E. / Frank, A. / Man, H. / Hart, S. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: Structures of the Apo and Fad-Bound Forms of 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase (Hbpa) Locate Activity Hotspots Identified by Using Directed Evolution. 著者: Jensen, C.N. / Mielke, T. / Farrugia, J.E. / Frank, A. / Man, H. / Hart, S. / Turkenburg, J.P. / Grogan, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cy8.cif.gz | 445.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cy8.ent.gz | 358.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/4cy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/4cy8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63863.367 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS NITROREDUCENS HBP1 (バクテリア) プラスミド: PETYSBLIC-3C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06647, EC: 1.14.13.44 #2: 化合物 | ChemComp-FDA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | MUTATION T347Q IS PRESENT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 詳細: 18% (W/V) PEG 3350, 0.15 M KSCN, 1 MM FAD IN BIS-TRIS PROPANE BUFFER AT PH 5.5, WITH A PROTEIN CONCENTRATION OF 10 MG ML-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91999 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→59.53 Å / Num. obs: 146673 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 92 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3IHG 解像度: 2.03→59.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.133 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.258 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→59.53 Å
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拘束条件 |
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