[日本語] English
万見
- PDB-4z2u: Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase R242Q from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z2u
タイトルCrystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase R242Q from Pseudomonas azelaica
要素2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / flavin dependent oxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / Glutaredoxin - #120 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Fishman, A.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
著者: Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Shahar, A. / Adir, N. / Fishman, A.
履歴
登録2015年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22015年10月28日Group: Database references
改定 2.02024年5月8日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,8434
ポリマ－129,2722
非ポリマー1,5712
水11,656647
1
B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,6878
ポリマ－258,5454
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1/2,y+1/2,-z1
手法PISA
2
A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,6878
ポリマ－258,5454
非ポリマー3,1424
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area16480 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area83010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.140, 131.540, 79.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-951-

HOH

21A-987-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase


分子量: 64636.156 Da / 分子数: 2 / 変異: R242Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア)
遺伝子: hbpA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06647, EC: 1.14.13.44
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 647 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate and 25% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.56 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→42.14 Å / Num. obs: 49676 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェルRmerge(I) obs: 0.191

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.3_928精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.5→32.373 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 2527 5.09 %
Rwork0.2037 --
obs0.2054 49652 92.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.404 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5181 Å20 Å21.6223 Å2
2---2.0587 Å2-0 Å2
3---11.5699 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8660 0 106 647 9413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088984
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.30412198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4573258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54810.32341100.30032169X-RAY DIFFRACTION76
2.5481-2.60010.33181210.29522230X-RAY DIFFRACTION79
2.6001-2.65660.32321230.27612327X-RAY DIFFRACTION82
2.6566-2.71840.28031260.25732381X-RAY DIFFRACTION84
2.7184-2.78630.26521320.2552427X-RAY DIFFRACTION87
2.7863-2.86160.32251210.25062543X-RAY DIFFRACTION89
2.8616-2.94570.2891590.23992550X-RAY DIFFRACTION91
2.9457-3.04080.2591340.22192652X-RAY DIFFRACTION94
3.0408-3.14930.26621430.21732719X-RAY DIFFRACTION96
3.1493-3.27530.26461620.2122755X-RAY DIFFRACTION97
3.2753-3.42420.23611550.20052730X-RAY DIFFRACTION98
3.4242-3.60460.23061250.192816X-RAY DIFFRACTION98
3.6046-3.83010.22171630.18712752X-RAY DIFFRACTION98
3.8301-4.12520.21091380.17532826X-RAY DIFFRACTION99
4.1252-4.53940.17191570.15372780X-RAY DIFFRACTION98
4.5394-5.19390.20841690.15632780X-RAY DIFFRACTION99
5.1939-6.53490.22351470.2092837X-RAY DIFFRACTION98
6.5349-32.37570.20371420.19562851X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る