PDB-4z2t: Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase W225Y from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z2t

タイトル

Crystal Structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase W225Y from Pseudomonas azelaica

要素

2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / flavin dependent oxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

FAD binding /

monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Fishman, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
著者: Kanteev, M. / Bregman-Cohen, A. / Deri, B. / Shahar, A. / Adir, N. / Fishman, A.

履歴

登録	2015年3月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Database references
改定 1.2	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z2t.cif.gz	240.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z2t.ent.gz	191.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z2/4z2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4z2rC 4z2uC 5brtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z2r-2 4z2u-2 5brt-2 4z2u-1 5brt-1 4z2r-1 4cy6-d 4cy8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
262 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

A: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

B: 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
262 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.380, 130.580, 78.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.79, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-719- HOH

#1: タンパク質	2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase 分子量: 64642.188 Da / 分子数: 2 / 変異: W225Y / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas nitroreducens HBP1 (バクテリア) 遺伝子: hbpA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06647, EC: 1.14.13.44
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium citrate and 25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.56 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.56 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→59.19 Å / Num. obs: 54998 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.3_928	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→43.85 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	2791	5.08 %
R_work	0.2178	-	-
obs	0.2188	54971	97.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.228 Å² / k_sol: 0.362 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.5496 Å²	-0 Å²	2.233 Å²
2-	-	-1.8949 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.4445 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8640	0	106	455	9201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	8982
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.784	12192
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.815	3264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.306	1340
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1574

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.4922	0.4084	132	0.3392	2254	X-RAY DIFFRACTION	85
2.4922-2.5375	0.3161	122	0.3052	2289	X-RAY DIFFRACTION	85
2.5375-2.5863	0.3112	147	0.2954	2354	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5863-2.6391	0.3213	135	0.2834	2469	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6391-2.6965	0.3547	126	0.2775	2542	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6965-2.7592	0.26	136	0.2567	2623	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7592-2.8282	0.2685	118	0.2489	2662	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8282-2.9047	0.2735	138	0.2409	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9047-2.9901	0.2694	143	0.2232	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9901-3.0866	0.2801	144	0.222	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0866-3.1969	0.2789	146	0.2316	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1969-3.3249	0.2502	154	0.2167	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3249-3.4761	0.2262	132	0.2121	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4761-3.6593	0.2174	132	0.2102	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6593-3.8884	0.2028	138	0.2015	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8884-4.1885	0.1976	162	0.1847	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1885-4.6095	0.1922	138	0.1635	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6095-5.2756	0.1621	131	0.1686	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2756-6.643	0.2156	144	0.2158	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
6.643-43.8574	0.1943	173	0.215	2708	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)