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- PDB-4ce8: Perdeuterated Pseudomonas aeruginosa Lectin II complex with hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ce8
タイトルPerdeuterated Pseudomonas aeruginosa Lectin II complex with hydrogenated L-Fucose and Calcium
要素FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / PERDEUTERATED
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / 尿素 / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Mitchell, E.P. / Mossou, E. / Pokorna, M. / Wimmerova, M. / Imberty, A. / Moulin, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Perdeuterated Pseudomonas Aeruginosa Lectin II Complex with Hydrogenated L Fucose and Calcium
著者: Cuypers, M.G. / Mossou, E. / Mitchell, E.P. / Russi, S. / Pokorna, M. / Wimmerova, M. / Imberty, A. / Mcsweeney, S. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T.
履歴
登録2013年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / chem_comp / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
B: FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
C: FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
D: FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,84126
ポリマ－46,9394
非ポリマー1,90222
水17,817989
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12180 Å2
ΔGint-191.3 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.480, 72.490, 54.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
FUCOSE-BINDING LECTIN PA-IIL


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 断片: 2-115 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PERDEUTERATED PROTEIN / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#3: 糖
ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス / フコース


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 1007分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素 / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.28 %
解説: NEEDED ONLY 2 CA ATOMS FROM 1UZV FOR ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH ACORN.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: ALL SALTS EXCHANGED 3X AGAINST D2O. 0,1 M TRIS PD 8.5, 1.75M (ND4)2SO4, 2MM CACL2, 2MM MGCL2. 10 MG/ML PROTEIN PRE-INCUBATED IN 2MM CACL2 AND 250 MG/L L-FUCOSE. HANGING DROP METHOD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8266
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.9→43.55 Å / Num. obs: 291511 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 6.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル最高解像度: 0.9 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UZV

1uzv


解像度: 0.9→36.463 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.29 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: UREA FOUND NEARBY ARGININES, PARTIAL DEGRADATION POSSIBLE INTO ORNITHINE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1405 24069 5 %
Rwork0.1247 --
obs0.1255 291449 80.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 4.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→36.463 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3308 0 101 989 4398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153764
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3595151
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.771288
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007692
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9-0.91020.32936940.29513948X-RAY DIFFRACTION73
0.9102-0.92090.29427570.276913841X-RAY DIFFRACTION74
0.9209-0.93220.27747630.257113980X-RAY DIFFRACTION74
0.9322-0.9440.24357180.240514189X-RAY DIFFRACTION75
0.944-0.95640.22557270.228414104X-RAY DIFFRACTION75
0.9564-0.96950.22057130.211514315X-RAY DIFFRACTION76
0.9695-0.98330.21327660.210114165X-RAY DIFFRACTION76
0.9833-0.9980.20238510.194214375X-RAY DIFFRACTION76
0.998-1.01360.19647790.175214427X-RAY DIFFRACTION77
1.0136-1.03020.18757380.16214615X-RAY DIFFRACTION77
1.0302-1.0480.1627130.149414601X-RAY DIFFRACTION78
1.048-1.06710.14577980.134114745X-RAY DIFFRACTION78
1.0671-1.08760.13128480.117114658X-RAY DIFFRACTION78
1.0876-1.10980.11947990.107714850X-RAY DIFFRACTION79
1.1098-1.13390.11887140.100315087X-RAY DIFFRACTION79
1.1339-1.16030.11358400.095714938X-RAY DIFFRACTION80
1.1603-1.18930.10748880.096314983X-RAY DIFFRACTION80
1.1893-1.22150.10968640.095715113X-RAY DIFFRACTION81
1.2215-1.25740.1128380.09415288X-RAY DIFFRACTION81
1.2574-1.2980.11518160.094915364X-RAY DIFFRACTION82
1.298-1.34440.117910.091715409X-RAY DIFFRACTION82
1.3444-1.39820.10648240.096115637X-RAY DIFFRACTION83
1.3982-1.46190.11698410.09915660X-RAY DIFFRACTION83
1.4619-1.53890.11528370.097315659X-RAY DIFFRACTION83
1.5389-1.63540.1198290.098515693X-RAY DIFFRACTION83
1.6354-1.76160.14098870.113116399X-RAY DIFFRACTION87
1.7616-1.93890.11858780.110516771X-RAY DIFFRACTION89
1.9389-2.21940.11538810.105816983X-RAY DIFFRACTION90
2.2194-2.79610.1438140.125317232X-RAY DIFFRACTION91
2.7961-36.49270.1488630.128217042X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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