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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4btb | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE PEPTIDE(PRO)9 BOUND COMPLEX OF N-TERMINAL DOMAIN AND PEPTIDE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF PROLYL-4 HYDROXYLASE (RESIDUES 1-238) TYPE I FROM HUMAN | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT MOTIF / COILED-COIL (コイルドコイル) / PROLINE RICH PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / L-ascorbic acid binding / collagen fibril organization / iron ion binding / 小胞体 / intracellular membrane-bounded organelle / 小胞体 ...procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / L-ascorbic acid binding / collagen fibril organization / iron ion binding / 小胞体 / intracellular membrane-bounded organelle / 小胞体 / ミトコンドリア / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.899 Å | ||||||
データ登録者 | Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: The Structural Motifs for Substrate Binding and Dimerization of the Alpha Subunit of Collagen Prolyl 4-Hydroxylase 著者: Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Kursula, P. / Hieta, R. / Bergmann, U. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4btb.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4btb.ent.gz | 90.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4btb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4btb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4btb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27519.084 Da / 分子数: 1 / 断片: COLLAGEN BINDING DOMAIN, RESIDUES 18-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 892.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 9 詳細: 20% PEG 6000, 0.1M BICINE 9, 5MM SPERMINE HCL, 5MM (PRO)9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: BRUKER PLATINIUM-135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日 / 詳細: HELIOS MX MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→43.6 Å / Num. obs: 25406 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.26 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 24.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.05 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / % possible all: 94 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2YQ8 解像度: 1.899→30.262 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.899→30.262 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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