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Yorodumi- PDB-4bt8: CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO FORM OF N-TERMINAL DOMAIN AND PEPTID... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bt8 | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE APO FORM OF N-TERMINAL DOMAIN AND PEPTIDE SUBSTRATE BINDING DOMAIN OF PROLYL-4 HYDROXYLASE TYPE I FROM HUMAN | ||||||
Components | PROLYL 4-HYDROXYLASE SUBUNIT ALPHA-1Procollagen-proline dioxygenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / TETRATRICOPEPTIDE REPEAT MOTIF / COILED-COIL | ||||||
Function / homology | Function and homology information procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / L-ascorbic acid binding / collagen fibril organization / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum ...procollagen-proline 4-dioxygenase / procollagen-proline 4-dioxygenase complex / procollagen-proline 4-dioxygenase activity / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / L-ascorbic acid binding / collagen fibril organization / iron ion binding / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HOMO SAPIENS (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198 Å | ||||||
Authors | Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Wierenga, R.K. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2013 Title: The Structural Motifs for Substrate Binding and Dimerization of the Alpha Subunit of Collagen Prolyl 4-Hydroxylase Authors: Anantharajan, J. / Koski, M.K. / Kursula, P. / Hieta, R. / Bergmann, U. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4bt8.cif.gz | 198.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4bt8.ent.gz | 162 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4bt8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bt/4bt8 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yq8SC 4bt9C 4btaC 4btbC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 27519.084 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: COLLAGEN BINDING DOMAIN, RESIDUES 18-255 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) HOMO SAPIENS (human) / Plasmid: PET22B / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P13674, procollagen-proline 4-dioxygenase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.3 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.5 Details: 25-30% PEG400, 10% ISOPROPANOL, 100MM HEPES PH 7.5, 5MM SPERMINE HCL |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.6 Å / Num. obs: 25805 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 46.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å / Redundancy: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2YQ8 Resolution: 2.198→48.63 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.99 / Phase error: 32.2 / Stereochemistry target values: ML Details: THE NUMBERING SHOULD START WITH 0 FROM THE INITIAL METHIONINE
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.198→48.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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