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- PDB-4bcq: Structure of CDK2 in complex with cyclin A and a 2-amino-4-hetero... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bcq | ||||||
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Title | Structure of CDK2 in complex with cyclin A and a 2-amino-4-heteroaryl- pyrimidine inhibitor | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSFERASE/CELL CYCLE / TRANSFERASE-CELL CYCLE COMPLEX / CDK-CYCLIN COMPLEX / ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() cell cycle G1/S phase transition / mitotic cell cycle phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hole, A.J. / Baumli, S. / Wang, S. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Comparative Structural and Functional Studies of 4-(Thiazol- 5-Yl)-2-(Phenylamino)Pyrimidine-5-Carbonitrile Cdk9 Inhibitors Suggest the Basis for Isotype Selectivity. Authors: Hole, A.J. / Baumli, S. / Shao, H. / Shi, S. / Pepper, C. / Fischer, P.M. / Wang, S. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 455.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 390.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4bcfC ![]() 4bchC ![]() 4bciC ![]() 4bcjC ![]() 4bckC ![]() 4bcmC ![]() 4bcnC ![]() 4bcoC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 34297.715 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | | Mass: 30055.689 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 169-429 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 30063.732 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: RESIDUES 169-429 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.4 Å3/Da / Density % sol: 63 % / Description: NONE |
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Crystal grow![]() | Details: COCRYSTALS WERE GROWN IN 1-1.25M AMMONIUM SULFATE, 0.5-0.9M KCL, 100MM HEPES, PH 7.0, 5MM DTT AND IN THE PRESENCE OF COMPOUND. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.19→52.26 Å / Num. obs: 65528 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.27 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.53 Å / Redundancy: 2.91 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.65 / % possible all: 93 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.11 Å / VDW probe radii: 1.3 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 71.996 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.662 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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