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万見
- PDB-4bbe: Aminoalkylpyrimidine Inhibitor Complexes with JAK2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bbe
タイトルAminoalkylpyrimidine Inhibitor Complexes with JAK2
要素TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / INHIBITOR (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / intracellular mineralocorticoid receptor signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / Signaling by Erythropoietin ...interleukin-35-mediated signaling pathway / intracellular mineralocorticoid receptor signaling pathway / histone H3Y41 kinase activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / post-embryonic hemopoiesis / collagen-activated signaling pathway / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / interleukin-5-mediated signaling pathway / response to interleukin-12 / positive regulation of leukocyte proliferation / interleukin-12 receptor complex / activation of Janus kinase activity / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of platelet aggregation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / Interleukin-23 signaling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / interleukin-12-mediated signaling pathway / interleukin-3-mediated signaling pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / acetylcholine receptor binding / cellular response to interleukin-3 / Signaling by Leptin / Interleukin-12 signaling / positive regulation of signaling receptor activity / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of cell-substrate adhesion / response to hydroperoxide / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / axon regeneration / growth hormone receptor signaling pathway / peptide hormone receptor binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IFNG signaling activates MAPKs / extrinsic component of plasma membrane / Interleukin-20 family signaling / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin-6 signaling / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of cell-cell adhesion / Prolactin receptor signaling / positive regulation of interleukin-17 production / negative regulation of DNA binding / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / MAPK1 (ERK2) activation / mesoderm development / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / response to tumor necrosis factor / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / Erythropoietin activates RAS / Growth hormone receptor signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / Signaling by CSF3 (G-CSF) / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / actin filament polymerization / SH2 domain binding / cellular response to dexamethasone stimulus / post-translational protein modification / 赤血球形成 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / positive regulation of interleukin-1 beta production / カベオラ / endosome lumen / positive regulation of cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3O4 / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Sar and in Vivo Evaluation of 4-Aryl-2-Aminoalkylpyrimidines as Potent and Selective Janus Kinase 2 (Jak2) Inhibitors
著者: Forsyth, T. / Kearney, P.C. / Kim, B.G. / Johnson, H.W.B. / Aay, N. / Arcalas, A. / Brown, D.S. / Chan, V. / Chen, J. / Du, H. / Epshteyn, S. / Galan, A.A. / Huynh, T.P. / Ibrahim, M.A. / ...著者: Forsyth, T. / Kearney, P.C. / Kim, B.G. / Johnson, H.W.B. / Aay, N. / Arcalas, A. / Brown, D.S. / Chan, V. / Chen, J. / Du, H. / Epshteyn, S. / Galan, A.A. / Huynh, T.P. / Ibrahim, M.A. / Kane, B. / Koltun, E. / Mann, G. / Meyr, L.E. / Lee, M.S. / Lewis, G.L. / Noguchi, R.T. / Pack, M. / Ridgway, B.H. / Shi, X. / Takeuchi, C.S. / Zu, P. / Leahy, J.W. / Nuss, J.M. / Aoyama, R. / Engst, S. / Gendreau, S.B. / Kassees, R. / Li, J. / Lin, S.-H. / Martini, J.-F. / Stout, T. / Tong, P. / Woolfrey, J. / Zhang, W. / Yu, P.
履歴
登録2012年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
B: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
C: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
D: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,5388
ポリマ－139,9804
非ポリマー1,5584
水1,53185
1
A: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3842
ポリマ－34,9951
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3842
ポリマ－34,9951
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3842
ポリマ－34,9951
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3842
ポリマ－34,9951
非ポリマー3891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.962, 76.284, 87.742
Angle α, β, γ (deg.)84.02, 66.87, 63.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
TYROSINE-PROTEIN KINASE JAK2 / JANUS KINASE 2 / JAK-2


分子量: 34995.020 Da / 分子数: 4 / 断片: PROTEIN TYROSINE KINASE DOMAIN, RESIDUES 839-1132 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-3O4 / N-[4-[2-[(4-morpholin-4-ylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]phenyl]ethanamide


分子量: 389.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-3 / 波長: 0.973538
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973538 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→80.9 Å / Num. obs: 59243 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.03 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE

解像度: 1.9→41.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 6.563 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35855 5357 5 %RANDOM
Rwork0.34358 ---
obs0.3443 59243 93.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→41.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9516 0 116 85 9717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0229860
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8781.97913276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.08151148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.17823.92500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.363151832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7721576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.027516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1440.24419
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2930.26693
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0880.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1021.56032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.18429292
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.08234488
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.1344.53984
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 344 -
Rwork0.435 6352 -
obs--78.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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