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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zl7 | ||||||
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タイトル | BACE2 FYNOMER COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / ASPARTYL PROTEASE (アスパラギン酸プロテアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis ...Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / ゴルジ体 / 小胞体 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Banner, D.W. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Stihle, M. / Ruf, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones 著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zl7.cif.gz | 99 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zl7.ent.gz | 74 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zl/3zl7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42047.355 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 75-460 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, Β-セクレターゼ2 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 10325.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. ...THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. THE MUTATION HERE IS E269A IN THE PDB FILE AND E331A IN THE DATA BANK SEQUENCE. MODIFIED VERSION OF HUMAN FYN TYROSINE KINASE SH3 DOMAIN |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 % 解説: DATA COMPROMISED BY DIFFUSE ICE RING AT 3.68A AND APERTURE SCATTER AT 3.24A |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: 1.8M NA/K PHOSPHATE, PH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.91→43.77 Å / Num. obs: 10238 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 91.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.01 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 3ZKQ, 4AG1 解像度: 3.2→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8572 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.667 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. ALL LOWER SYMMETRY SPACE GROUPS WERE TESTED AND REJECTED AS REFINEMENT STATISTICS NOT SIGNIFICANTLY BETTER
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原子変位パラメータ | Biso mean: 80.23 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.58 Å / Total num. of bins used: 5
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