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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zki | ||||||
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タイトル | BACE2 MUTANT STRUCTURE WITH LIGAND | ||||||
要素 | BETA-SECRETASE 2Β-セクレターゼ2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis ...Β-セクレターゼ2 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / ゴルジ体 / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / ゴルジ体 / 小胞体 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Banner, D.W. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Stihle, M. / Ruf, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013 タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones 著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zki.cif.gz | 160.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zki.ent.gz | 125.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zki.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/3zki | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42047.355 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR, RESIDUES 75-460 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, Β-セクレターゼ2 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. ...THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. THE MUTATION HERE IS E269A IN THE PDB FILE AND E331A IN THE DATA BANK SEQUENCE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS PH8.0, 25% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→49.1 Å / Num. obs: 31592 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.53 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZKG 解像度: 2.4→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.838 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.482 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. MOLECULES A AND B ARE RELATED BY A LOCAL PSEUDO-DYAD AXIS. NCS CONSTRAINTS WERE NOT USED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.468 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.06 Å
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拘束条件 |
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