PDB-3zea: 3D structure of the NiFeSe hydrogenase from D. vulgaris Hildenbor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zea

タイトル

3D structure of the NiFeSe hydrogenase from D. vulgaris Hildenborough in the reduced state at 1.82 Angstroms

要素

(PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / HYDROGENASE BIOHYDROGEN OXYGEN TOLERANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

シトクロムc3ヒドロゲナーゼ /

フェレドキシンヒドロゲナーゼ /

cytochrome-c3 hydrogenase activity / [Ni-Fe] hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase activity /

嫌気呼吸 / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

引用

ジャーナル: Int.J.Hydrogen Energy / 年: 2013
タイトル: Redox State-Dependent Changes in the Crystal Structure of [Nifese] Hydrogenase from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough
著者: Marques, M.C. / Coelho, R. / Pereira, I.A.C. / Matias, P.M.

履歴

登録	2012年12月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
改定 1.2	2014年11月5日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 2.0	2019年1月23日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_struct_conn_angle Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 3.0	2019年4月24日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / exptl_crystal_grow ...entity_poly / exptl_crystal_grow / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.method ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zea.cif.gz	445.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zea.ent.gz	367.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zea.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3zea ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/3zea	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ze6C 3ze7C 3ze8C 3ze9C 2wpnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6z8m-d 6z8o-1 6ru9-d 3ze9-d 5jsk-d 6z9o-d 6z9g-4 4kl8-2 5jsu-d 4ko2-1 5jt1-d 4kn9-2 3ze6-d 6rtp-d 6z9g-1 6z7r-1 3ze7-d 6z7r-2 4urh-1 6z8j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (20) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (20)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT

B: PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.796, 61.796, 339.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2206- HOH
2	1	A-2217- HOH
3	1	B-2003- HOH

-
PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, SMALL SUBUNIT 分子量: 30261.568 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 35-317 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH 参照: UniProt: Q72AS4, フェレドキシンヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFESE] HYDROGENASE, LARGE SUBUNIT, SELENOCYSTEINE-CONTAINING 分子量: 53431.121 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 12-495 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) DESULFOVIBRIO VULGARIS (バクテリア) / 株: HILDENBOROUGH 参照: UniProt: Q72AS3, フェレドキシンヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 6種, 644分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素 / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 637 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	SIGNAL PEPTIDE CLEAVED OFF MATURE PROTEIN

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A SOLUTION COMPOSED OF 11 MG/ML PROTEIN IN 20 MM TRIS-HCL BUFFER PH 7.6, AND EQUILIBRATED AGAINST A 500 UL RESERVOIR.

結晶

マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.1
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING THE SITTING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD. 1 UL OF A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 16% PEG 8000 (W/V) AND 0.05 M KH2PO4 PH 4.1 WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF A ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→56.6 Å / Num. obs: 67904 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 9.3 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPN

2wpn

解像度: 1.82→56.55 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 11.52 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ANOMALOUS DIFFERENCES WERE USED IN THE REFINEMENT.THE B CONFORMER S-ATOM FOR PSW B489 ONLY HAS 11% OCCUPANCY AND THERE IS NO ELECTRON DENSITY ON THE FINAL 2FO-FC MAP. HOWEVER, IT DID SHOW UP ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1468	5689	5.1 %
R_work	0.1238	-	-
obs	0.1249	67701	86.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.595 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6664 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.6664 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3328 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→56.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5838	0	34	637	6509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.251	8308
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.257	2289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1081

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.8407	0.1662	131	0.1464	2544	X-RAY DIFFRACTION	63
1.8407-1.8623	0.1795	138	0.1439	2783	X-RAY DIFFRACTION	67
1.8623-1.8851	0.1957	152	0.1328	2983	X-RAY DIFFRACTION	72
1.8851-1.9089	0.1472	195	0.1288	3189	X-RAY DIFFRACTION	78
1.9089-1.934	0.1623	191	0.1166	3517	X-RAY DIFFRACTION	85
1.934-1.9605	0.1284	217	0.1071	3579	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9605-1.9885	0.1501	218	0.1095	3711	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9885-2.0182	0.1556	204	0.1069	3655	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0182-2.0498	0.1442	215	0.1052	3591	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0498-2.0834	0.1481	213	0.1065	3629	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0834-2.1193	0.1279	229	0.1044	3588	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1193-2.1578	0.1381	166	0.1065	3615	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1578-2.1993	0.1392	184	0.1054	3529	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1993-2.2442	0.1488	200	0.1083	3529	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2442-2.293	0.1362	178	0.1075	3707	X-RAY DIFFRACTION	88
2.293-2.3464	0.132	221	0.1088	3643	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3464-2.4051	0.1451	165	0.1109	3715	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4051-2.4701	0.1512	212	0.1118	3666	X-RAY DIFFRACTION	88
2.4701-2.5428	0.1565	174	0.1169	3668	X-RAY DIFFRACTION	90
2.5428-2.6248	0.1408	175	0.1222	3605	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6248-2.7187	0.1623	211	0.1204	3499	X-RAY DIFFRACTION	85
2.7187-2.8275	0.1516	212	0.1195	3691	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8275-2.9562	0.1514	135	0.1285	3732	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9562-3.112	0.1585	199	0.1311	3650	X-RAY DIFFRACTION	89
3.112-3.307	0.1425	176	0.1313	3642	X-RAY DIFFRACTION	89
3.307-3.5623	0.151	214	0.1385	3546	X-RAY DIFFRACTION	86
3.5623-3.9207	0.143	178	0.1211	3714	X-RAY DIFFRACTION	90
3.9207-4.4878	0.1127	182	0.1087	3700	X-RAY DIFFRACTION	90
4.4878-5.6534	0.1336	206	0.1251	3701	X-RAY DIFFRACTION	89
5.6534-56.5768	0.1784	198	0.1882	3861	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8617	0.1476	-0.2462	1.0018	0.0621	0.8883	0.0458	0.1225	0.1205	-0.0435	-0.0217	0.1907	-0.1335	-0.2342	-0.0114	0.0898	0.0335	0.0089	0.1586	0.0256	0.1231	-0.9662	5.4359	23.1707
2	3.6043	0.6224	2.9956	1.2098	0.3226	4.1006	-0.0055	-0.1653	0.1648	0.1773	-0.1148	0.3034	-0.1365	-0.5401	0.092	0.074	0.0014	0.0682	0.2201	0.0091	0.1475	-10.4433	-2.0517	34.0475
3	2.0075	-0.3637	-0.1477	1.651	0.1898	1.0265	0.024	-0.2547	-0.1104	0.2346	-0.0244	0.1762	0.1421	-0.1355	-0.0057	0.0936	-0.0118	0.0272	0.1222	0.0247	0.0966	0.4819	-10.5408	31.6062
4	0.571	0.0465	-0.0449	0.5112	0.0067	0.7957	0.0354	0.1817	-0.0427	-0.086	-0.0266	0.0101	0.0344	-0.022	-0.0056	0.072	0.0398	0.0063	0.1663	0.0067	0.0872	8.534	-5.2117	7.9474
5	3.7137	2.1248	-3.7602	1.2158	-2.1514	3.8071	0.0203	0.1361	0.0268	-0.0618	0.004	-0.107	-0.0175	0.0178	-0.0441	0.1402	0.0458	0.0281	0.2803	0.017	0.144	19.5605	-3.1484	-2.8867
6	1.1592	1.8108	1.7248	3.2443	3.0413	2.8561	0.033	0.0569	0.1021	-0.0283	-0.0544	-0.0607	-0.026	-0.0242	-0.0038	0.1204	0.0285	0.0179	0.2188	0.0144	0.1595	13.934	-1.4408	7.0294
7	0.1905	-0.8598	-0.3476	4.0149	1.6061	0.6448	-0.0052	-0.0319	-0.0156	0.0249	0.0321	0.0229	0.0568	0.0205	-0.0189	0.098	0.0134	0.0005	0.1729	0.017	0.1323	11.0317	-3.7089	19.3687
8	1.3991	-0.0972	-0.2463	1.1208	0.2044	3.1343	0.011	-0.2121	-0.0251	0.2683	0.0287	0.0558	0.2314	-0.0639	-0.0476	0.1309	-0.0028	0.0123	0.1231	0.0193	0.077	6.9727	1.1577	47.1052
9	0.5844	-0.071	-0.1479	0.5865	0.1831	0.8101	0.0583	0.0824	0.0915	-0.038	-0.0244	-0.0498	-0.1381	0.0487	-0.0349	0.0689	0.0028	0.0126	0.1169	0.033	0.0977	16.2709	8.9987	22.2331
10	0.9674	0.0139	0.0042	1.1289	0.116	0.9045	0.0646	-0.0564	0.1146	0.0903	-0.0136	-0.3269	-0.0859	0.1936	-0.0379	0.1021	-0.0313	0.0053	0.1503	0.0032	0.1561	24.0283	10.9858	38.2254
11	0.6526	-0.0963	-0.2133	0.4961	0.1695	1.0265	0.0273	-0.0133	0.0473	0.0635	0.0165	-0.1239	-0.0332	0.1726	-0.0327	0.0579	-0.0101	-0.006	0.1173	0.0174	0.1216	22.5075	5.4586	31.9301
12	2.408	2.8586	-1.1086	9.3321	-6.2185	4.5579	0.0426	0.3962	-0.46	-0.0311	0.1373	-0.0297	0.1325	-0.0434	-0.1752	0.1398	0.0052	0.02	0.1675	0.0139	0.1491	18.9883	3.7598	29.024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 5:53)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 54:70)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 71:108)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 109:283)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 284)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 285)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 286)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 15:46)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 47:210)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 211:369)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 370:495)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 500:501)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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