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- PDB-3wqj: Crystal structure of archaerhodopsin-2 at 1.8 angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wqj
タイトルCrystal structure of archaerhodopsin-2 at 1.8 angstrom resolution
要素Archaerhodopsin-2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / 7 trans-membrane helices / light-driven proton pump
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / monoatomic ion channel activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIORUBERIN / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / Chem-L3P / Chem-L4P / レチナール / Chem-SQL / Archaerhodopsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kouyama, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of archaerhodopsin-2 at 1.8 angstrom resolution.
著者: Kouyama, T. / Fujii, R. / Kanada, S. / Nakanishi, T. / Chan, S.K. / Murakami, M.
履歴
登録2014年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_id_CSD ..._citation.country / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6399
ポリマ－27,9541
非ポリマー4,6858
水91951
1
A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子

A: Archaerhodopsin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,91627
ポリマ－83,8613
非ポリマー14,05524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area23960 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.739, 62.739, 331.464
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-308-

SQL

21A-308-

SQL

31A-308-

SQL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Archaerhodopsin-2 / / AR 2


分子量: 27953.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium (好塩性) / 株: AUS-2 / 参照: UniProt: P29563

-
非ポリマー , 8種, 59分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN / Halobacterium


分子量: 741.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 化合物 ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#7: 化合物 ChemComp-L4P / 3-[GLYCEROLYLPHOSPHONYL]-[1,2-DI-PHYTANYL]GLYCEROL / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL


分子量: 807.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H95O8P
#8: 化合物 ChemComp-SQL / (6E,10E,14E,18E)-2,6,10,15,19,23-hexamethyltetracosa-2,6,10,14,18,22-hexaene / squalene / 2,6,10,15,19,23-ヘキサメチル-2,6,10,14,18,22-テトラコサヘキサエン / スクアレン


分子量: 410.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H50
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES, 0.32% NONYLGLUCOSIDE, 8% trehalose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.11 Å / Num. all: 24035 / Num. obs: 21944 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 2.1 / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 23.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 3460 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EI4

2ei4


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1105 5.1 %RANDOM
Rwork0.2112 20596 --
obs0.2127 21701 90.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.68 Å2 / Biso mean: 26.661 Å2 / Biso min: 11.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20.47 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3----1.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1810 0 180 51 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0332.0492742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9175233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.43921.58763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50315291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2481511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2210.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.51152
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70421851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7293873
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2054.5891
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 103 -
Rwork0.305 1629 -
all-1732 -
obs--99.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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