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- PDB-3wmd: Crystal structure of epoxide hydrolase MonBI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3wmd
タイトルCrystal structure of epoxide hydrolase MonBI
要素Probable monensin biosynthesis isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / NTF2-like / Epoxide-opening cyclic ether formation
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / isomerase activity / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / MonBI
機能・相同性情報
生物種Streptomyces cinnamonensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Minami, A. / Ose, T. / Sato, K. / Oikawa, A. / Kuroki, K. / Maenaka, K. / Oguri, H. / Oikawa, H.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Allosteric regulation of epoxide opening cascades by a pair of epoxide hydrolases in monensin biosynthesis
著者: Minami, A. / Ose, T. / Sato, K. / Oikawa, A. / Kuroki, K. / Maenaka, K. / Oguri, H. / Oikawa, H.
履歴
登録2013年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Experimental preparation
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable monensin biosynthesis isomerase
B: Probable monensin biosynthesis isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6172
ポリマ－35,6172
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.784, 56.610, 106.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable monensin biosynthesis isomerase


分子量: 17808.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces cinnamonensis (バクテリア)
遺伝子: monBI / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: Q846W7
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.1M potassium phosphate, 20%(v/v) PEG6000, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.000, 0.9300, 0.9797
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月4日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.931
30.97971
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 16242 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 676 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.999→31.398 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 798 4.94 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.2194 16143 97.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→31.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2245 0 0 98 2343
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1233130
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.849850
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061350
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.999-2.12420.38281280.3038221287
2.1242-2.28820.3721430.2735252698
2.2882-2.51840.27571070.25872593100
2.5184-2.88260.33821370.23582618100
2.8826-3.63090.2571480.2042624100
3.6309-31.4020.20891350.192772100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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