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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3web | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a Niemann-Pick type C2 protein from Japanese carpenter ant in complex with oleic acid | ||||||
要素 | Niemann-Pick type C2 protein | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / immunoglobulin-like beta-sandwich fold / carrier protein / Oleic acid (オレイン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Camponotus japonicus (クロオオアリ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Fujimoto, Z. / Tsuchiya, W. / Ishida, Y. / Yamazaki, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Niemann-Pick type C2 protein mediating chemical communication in the worker ant 著者: Ishida, Y. / Tsuchiya, W. / Fujii, T. / Fujimoto, Z. / Miyazawa, M. / Ishibashi, J. / Matsuyama, S. / Ishikawa, Y. / Yamazaki, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3web.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3web.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3web.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/3web ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/3web | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14927.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Camponotus japonicus (クロオオアリ) 遺伝子: CjapNPC2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W5JXD9*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-OLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.2mM sodium chloride, 0.1M HEPES buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→31.268 Å / Num. obs: 16234 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 16.308 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Num. unique all: 1576 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3WEA 解像度: 1.7→31.268 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 2.48 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.268 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.268 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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