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- PDB-1xwv: Structure of the house dust mite allergen Der f 2: Implications f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xwv
タイトルStructure of the house dust mite allergen Der f 2: Implications for function and molecular basis of IgE cross-reactivity
要素Der f II
キーワードALLERGEN (アレルゲン) / BETA SHEETS (Βシート)
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol transport / sterol binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PE3 / Mite group 2 allergen Der f 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Johannessen, B.R. / Skov, L.K. / Kastrup, J.S. / Kristensen, O. / Bolwig, C. / Larsen, J.N. / Spangfort, M. / Lund, K. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2005
タイトル: Structure of the house dust mite allergen Der f 2: implications for function and molecular basis of IgE cross-reactivity.
著者: Johannessen, B.R. / Skov, L.K. / Kastrup, J.S. / Kristensen, O. / Bolwig, C. / Larsen, J.N. / Spangfort, M. / Lund, K. / Gajhede, M.
履歴
登録2004年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Der f II
B: Der f II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2024
ポリマ－28,1082
非ポリマー1,0932
水4,324240
1
A: Der f II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6892
ポリマ－14,0541
非ポリマー6351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Der f II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5132
ポリマ－14,0541
非ポリマー4591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.712, 47.638, 48.275
Angle α, β, γ (deg.)85.98, 75.90, 82.76
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Der f II / mite allergen Der f II


分子量: 14054.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dermatophagoides farinae (ヒョウヒダニ)
プラスミド: pGAPZalpha-A / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q00855
#2: 化合物 ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) / ポリエチレングリコール


分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H58O15
#3: 化合物 ChemComp-XPE / 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE-1,29-DIOL / DECAETHYLENE GLYCOL / デカエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 458.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O11 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 4000, potassium citrate, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月5日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→24.43 Å / Num. all: 18043 / Num. obs: 18043 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2626 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KTJ

1ktj


解像度: 1.83→24.43 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 923 -RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 18043 93.4 %-
all-18043 --
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.17 Å2-2.15 Å2-1.26 Å2
2--2.2 Å21.11 Å2
3----7.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2015 0 74 240 2329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 149 -
Rwork0.309 --
obs--85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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