+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3w3z | ||||||
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Title | Crystal structure of Kap121p bound to RanGTP | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN / HEAT repeat / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information regulation of protein desumoylation / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / GTP metabolic process / RISC complex / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding ...regulation of protein desumoylation / RISC complex binding / pre-miRNA binding / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / GTP metabolic process / RISC complex / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of mitotic nuclear division / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein import into nucleus / melanosome / nuclear envelope / cell division / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Canis lupus familiaris (dog) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | Kobayashi, J. / Matsuura, Y. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Structural basis for cell-cycle-dependent nuclear import mediated by the karyopherin Kap121p. Authors: Kobayashi, J. / Matsuura, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3w3z.cif.gz | 472.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3w3z.ent.gz | 402.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3w3z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/3w3z | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3w3tC 3w3uC 3w3vC 3w3wC 3w3xC 3w3yC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 122304.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P32337 |
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#2: Protein | Mass: 20210.416 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 1-176 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Canis lupus familiaris (dog) / Gene: RAN / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P62825 |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-GTP / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1M MES, 0.2M CaCl2, 10% PEG 20000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 0.97897 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jul 14, 2010 |
Radiation | Monochromator: rotated inclined double crystal monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97897 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→48.77 Å / Num. all: 45236 / Num. obs: 45100 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.79 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.7→46.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 32.352 / SU ML: 0.287 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.869 / ESU R Free: 0.378 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 99.485 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→46.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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