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万見
- PDB-3w3y: Crystal structure of Kap121p bound to Nup53p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3w3y
タイトルCrystal structure of Kap121p bound to Nup53p
要素
  • Importin subunit beta-3インポーチン
  • Nucleoporin NUP53
キーワードPROTEIN TRANSPORT/DNA BINDING PROTEIN / HEAT repeat (HEATリピート) / nuclear import (核局在化シグナル) / PROTEIN TRANSPORT-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to spindle checkpoint signaling / regulation of protein desumoylation / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / nuclear pore nuclear basket / protein localization to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding ...response to spindle checkpoint signaling / regulation of protein desumoylation / nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / nuclear pore nuclear basket / protein localization to kinetochore / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of mitotic nuclear division / NLS-bearing protein import into nucleus / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / phospholipid binding / protein import into nucleus / single-stranded DNA binding / 核膜 / 核膜 / 細胞周期 / 細胞分裂 / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1700 / Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin repeat 4 / Importin repeat / Importin repeat / Importin repeat 6 / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif ...Helix Hairpins - #1700 / Importin repeat / Importin repeat 6 / Importin repeat 4 / Importin repeat / Importin repeat / Importin repeat 6 / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nucleoporin, NUP53 / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / Importin beta family / HEAT-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Helix Hairpins / Leucine-rich Repeat Variant / Helix non-globular / RNA-binding domain superfamily / Special / Armadillo-like helical / Αソレノイド / Armadillo-type fold / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Importin subunit beta-3 / Nucleoporin NUP53
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kobayashi, J. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for cell-cycle-dependent nuclear import mediated by the karyopherin Kap121p.
著者: Kobayashi, J. / Matsuura, Y.
履歴
登録2012年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit beta-3
B: Nucleoporin NUP53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,4142
ポリマ－125,4142
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1120 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area44740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.330, 131.440, 131.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit beta-3 / インポーチン / Karyopherin subunit beta-3 / Karyopherin-121 / Protein secretion enhancer 1


分子量: 119912.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32337
#2: タンパク質・ペプチド Nucleoporin NUP53 / Nuclear pore protein NUP53


分子量: 5501.270 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 401-448 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NUP53, YMR153W, YM8520.02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03790

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG 20000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月11日
放射モノクロメーター: rotated-inclined double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30.99 Å / Num. all: 33972 / Num. obs: 32341 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.8→2.94 Å / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3W3T

3w3t


解像度: 2.8→30.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 20.941 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29672 1633 5.1 %RANDOM
Rwork0.25082 ---
all0.25309 33972 --
obs0.25309 30646 94.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.549 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.68 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---7.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7862 0 0 0 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5761.97210901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.61351019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.69925.392319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.899151302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1381525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.476 86 -
Rwork0.389 1723 -
obs--74.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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