[日本語] English
万見
- PDB-3vvs: Crystal structure of MATE in complex with MaD3S -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vvs
タイトルCrystal structure of MATE in complex with MaD3S
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • macrocyclic peptide
キーワードTRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / MATE / multidrug transporter / macrocyclic peptide / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性: / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / 細胞膜 / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter.
著者: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O.
履歴
登録2012年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: macrocyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,74414
ポリマ－50,4662
非ポリマー4,27812
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.091, 59.970, 68.525
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Archaeal-type transporter


分子量: 49276.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: JCM 8422 / 遺伝子: PF0708 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8U2X0
#2: タンパク質・ペプチド macrocyclic peptide / MaD3S


分子量: 1189.423 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Selected by the RaPID system protocol
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.02 % / Mosaicity: 0.909 °
結晶化温度: 293 K / 手法: lipdic cubic phase / pH: 7
詳細: 30% PEG 400, 100mM HEPES-NaOH, 100mM NaSCN, pH 7.0, lipdic cubic phase, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月27日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21796 / Num. obs: 21796 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.5-2.547.50.72711100.698199.9
2.54-2.597.60.63310890.7121100
2.59-2.647.60.63410760.7151100
2.64-2.697.60.5210850.7541100
2.69-2.757.60.42511080.7891100
2.75-2.827.60.41610690.8021100
2.82-2.897.60.39210920.8391100
2.89-2.967.70.3310970.8891100
2.96-3.057.60.28810750.9311100
3.05-3.157.60.248110411100
3.15-3.267.60.21910931.0141100
3.26-3.397.60.18810971.0931100
3.39-3.557.70.15210861.2841100
3.55-3.737.70.1311051.3911100
3.73-3.977.70.11311031.5491100
3.97-4.277.60.08510991.7781100
4.27-4.76.50.0859202.227184.8
4.7-5.387.60.08911261.9521100
5.38-6.787.60.08911121.5141100
6.78-507.30.0511501.565199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VVN

3vvn


解像度: 2.6→43.076 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8309 / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2439 1792 9.25 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
all0.2158 21796 --
obs0.2158 19376 99.05 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.399 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 164.13 Å2 / Biso mean: 41.8136 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5589 Å2-0 Å29.6856 Å2
2---3.9475 Å20 Å2
3----4.6115 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.076 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 181 40 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6484795
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044575
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003567
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5131300
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6001-2.67030.25991430.21913261469100
2.6703-2.74890.27261320.206613591491100
2.7489-2.83760.26811410.212513391480100
2.8376-2.9390.26941410.203713631504100
2.939-3.05670.26641340.207813471481100
3.0567-3.19570.24371380.206813731511100
3.1957-3.36420.2541360.210513531489100
3.3642-3.57480.24461430.206213601503100
3.5748-3.85070.21231330.212313721505100
3.8507-4.23790.24481390.197113701509100
4.2379-4.85040.23461280.21351228135689
4.8504-6.10820.28831410.255813821523100
6.1082-43.08210.20661430.20951412155599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.47040.10050.61611.8750.1871.45060.0207-0.01870.0186-0.0840.0447-0.0659-0.05150.1807-0.02910.09230.0387-0.0295-0.0033-0.00220.1022-36.909632.58296.3771
22.8668-0.8518-0.80631.28570.47331.27010.17450.110.074-0.1181-0.1427-0.3215-0.28420.2886-0.02460.1599-0.01790.00720.24040.02130.1321-22.203929.750714.2656
32.50820.33170.16661.40770.32730.609-0.1321-0.1444-0.1560.1220.1494-0.12130.20140.3705-0.05850.1350.0322-0.04830.23050.03120.1121-18.228621.336720.4578
43.8555-1.1338-1.45982.0836-1.46425.072-0.1894-0.2713-0.6274-0.2690.7818-0.13580.84380.9953-0.45941.1542-0.1114-0.02860.5237-0.16550.8603-27.788227.72895.7241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:235)A4 - 235
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 236:309)A236 - 309
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 310:454)A310 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN BB0 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る