+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vvs | ||||||
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Title | Crystal structure of MATE in complex with MaD3S | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / MATE / multidrug transporter / macrocyclic peptide / TRANSPORT PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / MATE family efflux transporter Function and homology information | ||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Tanaka, Y. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2013 Title: Structural basis for the drug extrusion mechanism by a MATE multidrug transporter. Authors: Tanaka, Y. / Hipolito, C.J. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Kuroda, T. / Higuchi, T. / Katoh, T. / Kato, H.E. / Hattori, M. / Kumazaki, K. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Suga, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vvs.cif.gz | 187.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vvs.ent.gz | 148.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vvs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/3vvs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3vvnSC 3vvoC 3vvpC 3vvrC 3w4tC 3wbnC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49276.258 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Strain: JCM 8422 / Gene: PF0708 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41(DE3) / References: UniProt: Q8U2X0 | ||
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#2: Protein/peptide | Mass: 1189.423 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: Selected by the RaPID system protocol | ||
#3: Chemical | ChemComp-OLC / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.02 % / Mosaicity: 0.909 ° |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipdic cubic phase / pH: 7 Details: 30% PEG 400, 100mM HEPES-NaOH, 100mM NaSCN, pH 7.0, lipdic cubic phase, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL32XU / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 27, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: liquid nitrogen cooled double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 21796 / Num. obs: 21796 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 5.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3VVN Resolution: 2.6→43.076 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8309 / SU ML: 0.66 / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.07 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.399 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 164.13 Å2 / Biso mean: 41.8136 Å2 / Biso min: 8.89 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→43.076 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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