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- PDB-3vri: HLA-B*57:01-RVAQLENVYI in complex with abacavir -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vri
タイトルHLA-B*57:01-RVAQLENVYI in complex with abacavir
要素
  • 10-mer peptide
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Human leukocyte antigen (ヒト白血球型抗原) / antigen presentation (抗原提示) / T-cell receptor (T細胞受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex ...U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / regulation of interleukin-12 production / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of dendritic cell differentiation / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / regulation of T cell anergy / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / regulation of interleukin-6 production / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / precatalytic spliceosome / mRNA Splicing - Minor Pathway / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / detection of bacterium / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / RNA splicing / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / spliceosomal complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / defense response / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / mRNA splicing, via spliceosome / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell differentiation in thymus / snRNP Assembly / ER-Phagosome pathway
類似検索 - 分子機能
Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus ...Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1KX / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Β2-ミクログロブリン / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Vivian, J.P. / Illing, P.T. / McCluskey, J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Immune self-reactivity triggered by drug-modified HLA-peptide repertoire
著者: Illing, P.T. / Vivian, J.P. / Dudek, N.L. / Kostenko, L. / Chen, Z. / Bharadwaj, M. / Miles, J.J. / Kjer-Nielsen, L. / Gras, S. / Williamson, N.A. / Burrows, S.R. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月4日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: 10-mer peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2175
ポリマ－44,8353
非ポリマー3822
水10,395577
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.279, 49.061, 71.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / HLA-B*5701 / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31736.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide


分子量: 1219.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesised peptide / 参照: UniProt: P62318*PLUS

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非ポリマー , 3種, 579分子

#4: 化合物 ChemComp-1KX / {(1S,4R)-4-[2-amino-6-(cyclopropylamino)-9H-purin-9-yl]cyclopent-2-en-1-yl}methanol / Abacavir / アバカビル / アバカビル


分子量: 286.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N6O / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 28% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M cacodylate, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月5日
放射モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→60 Å / Num. obs: 57626 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 8389 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFX

2rfx


解像度: 1.6→40.19 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8718 / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 2920 5.07 %random
Rwork0.1853 ---
obs0.187 57609 99.52 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.952 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 81.5 Å2 / Biso mean: 21.925 Å2 / Biso min: 5.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8217 Å2-0 Å20.4246 Å2
2---0.2362 Å20 Å2
3----0.5855 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3137 0 26 577 3740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1484514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071466
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9151239
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.62620.3171350.289625992734100
1.6262-1.65430.29881480.271925832731100
1.6543-1.68440.3071500.26552590274099
1.6844-1.71680.29571280.243225512679100
1.7168-1.75180.26531440.22826122756100
1.7518-1.78990.24061400.21662580272099
1.7899-1.83150.27421260.20342615274199
1.8315-1.87730.25351380.19925972735100
1.8773-1.92810.24941340.193625692703100
1.9281-1.98480.22631420.18632574271699
1.9848-2.04890.23171270.19382613274099
2.0489-2.12210.21071280.1912588271699
2.1221-2.20710.22771520.18612580273299
2.2071-2.30750.22531440.184926102754100
2.3075-2.42920.19841160.18042600271699
2.4292-2.58130.21481380.188226422780100
2.5813-2.78060.20781400.18452587272799
2.7806-3.06030.21581660.18542588275499
3.0603-3.50290.20931350.163826472782100
3.5029-4.41240.1671440.14526562800100
4.4124-40.2030.20291450.179127082853100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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