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万見
- PDB-3v6o: Leptin Receptor-antibody complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6o
タイトルLeptin Receptor-antibody complex
要素
  • (Monoclonal antibody 9F8 fab fragment ...) x 2
  • Leptin receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Receptor-antibody complex / Cytokine receptor / Antibody Fab fragment / Immunoglobulin fold / Leptin Receptor-antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


leptin receptor activity / regulation of transport / 骨化 / leptin-mediated signaling pathway / regulation of bone remodeling / response to leptin / regulation of feeding behavior / 有性生殖 / multicellular organism development / energy reserve metabolic process ...leptin receptor activity / regulation of transport / 骨化 / leptin-mediated signaling pathway / regulation of bone remodeling / response to leptin / regulation of feeding behavior / 有性生殖 / multicellular organism development / energy reserve metabolic process / Signaling by Leptin / cytokine receptor activity / glycogen metabolic process / cytokine binding / transport across blood-brain barrier / T cell differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of gluconeogenesis / 食作用 / energy homeostasis / cholesterol metabolic process / negative regulation of autophagy / 糖新生 / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / basolateral plasma membrane / 血管新生 / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Leptin receptor, immunoglobulin-like domain / Obesity receptor immunoglobulin like domain / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / システイン / Leptin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Carpenter, B. / Hemsworth, G.R. / Ross, R.J. / Artymiuk, P.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the human obesity receptor leptin-binding domain reveals the mechanism of leptin antagonism by a monoclonal antibody.
著者: Carpenter, B. / Hemsworth, G.R. / Wu, Z. / Maamra, M. / Strasburger, C.J. / Ross, R.J. / Artymiuk, P.J.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leptin receptor
B: Leptin receptor
C: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Heavy chain
D: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Heavy chain
E: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Light chain
F: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,45647
ポリマ－141,6916
非ポリマー2,76541
水15,331851
1
A: Leptin receptor
C: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Heavy chain
E: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,97421
ポリマ－70,8463
非ポリマー1,12818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area29270 Å2
手法PISA
2
B: Leptin receptor
D: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Heavy chain
F: Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,48226
ポリマ－70,8463
非ポリマー1,63723
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.814, 118.829, 171.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 CDEF

#2: 抗体 Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Heavy chain


分子量: 23592.359 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment of monoclonal antibody H chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Monoclonal antibody 9F8 fab fragment Light chain


分子量: 23873.506 Da / 分子数: 2 / 断片: Fab fragment of monoclonal antibody L chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Leptin receptor / / LEP-R / HuB219 / OB receptor / OB-R


分子量: 23379.795 Da / 分子数: 2 / 断片: Leptin binding domain of human obesity receptor / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DB, LEPR, OBR / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P48357
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 891分子

#4: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#5: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.81 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: sodium acetate, PEG-4000, pH 4.6, vapor diffusion, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→49 Å / Num. all: 127050 / Num. obs: 127050 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 6.891 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2135 6729 5 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
all0.1735 127050 --
obs0.1735 -99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.01 Å2 / Biso mean: 38.3931 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.06 Å20 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----2.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9486 0 177 851 10514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0229879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.841.95913399
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.971316236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.59351209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.73324.256383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.547151572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7481538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.21509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021893
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.761.56134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5351.52449
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.19829982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.3433745
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.2974.53417
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 494 -
Rwork0.254 9261 -
all-9755 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5756-0.3849-0.05490.27650.16991.3628-0.0086-0.01270.01530.04720.0446-0.00060.3160.1176-0.0360.16440.026-0.00760.09280.00210.049847.140140.3999-6.3344
26.2909-0.77613.69010.104-0.45232.1677-0.16610.20460.20640.02940.0249-0.0354-0.11070.13430.14130.05350.0272-0.07120.1912-0.03670.094871.68849.845216.4967
30.30860.5091-0.15720.8811-0.09841.33730.02770.01580.01480.00940.01420.0545-0.3762-0.06-0.04180.20510.03960.01630.0489-0.00110.058540.494869.7295.7121
47.85275.0629-5.6473.2828-3.58664.2211-0.25080.17-0.3972-0.22020.0877-0.293-0.0185-0.15630.1630.3189-0.05790.14470.10630.00850.093466.644570.8737-17.5072
50.19040.0514-0.00070.4135-0.14131.93380.0062-0.0466-0.0247-0.09320.01250.01590.00220.067-0.01880.05360.0031-0.00790.09760.010.061642.184351.5662-31.9768
60.10570.4594-0.00992.0165-0.09640.3970.0039-0.0165-0.01560.0468-0.0975-0.10450.03070.07430.09360.0831-0.0033-0.03030.0680.02790.097544.087779.6554-47.4473
70.12330.293-0.04430.7446-0.24351.47360.03970.0335-0.00950.16820.0382-0.0007-0.1566-0.0604-0.07790.14690.0120.01840.0744-0.00280.04941.738856.309531.0013
80.1016-0.4434-0.24592.63760.29061.62230.0320.00330.0001-0.0564-0.2219-0.256-0.24610.20750.18980.078-0.0549-0.01050.07790.07360.146253.754631.674245.9256
90.0397-0.12380.1591.2691-0.31010.9642-0.0404-0.0395-0.03130.08660.08350.0082-0.2556-0.2655-0.04310.08770.05770.00550.14460.02040.073130.699864.2918-18.272
100.2365-0.1097-0.22140.6937-0.70471.6005-0.18060.02210.0580.13030.1236-0.0116-0.0069-0.10270.0570.1881-0.0205-0.0660.06150.0510.074730.280386.3012-48.7786
110.0442-0.26980.06141.7518-0.59811.00090.0021-0.01150.004-0.09380.07380.03410.1854-0.176-0.07590.0742-0.0255-0.00130.09940.01140.067436.00840.192217.3735
120.09530.09870.30131.0711-0.61281.8592-0.0302-0.017-0.0138-0.0308-0.0008-0.0638-0.0408-0.0540.0310.13450.01860.01240.04080.04040.073443.524319.591147.5619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A431 - 533
2X-RAY DIFFRACTION2A534 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3B430 - 533
4X-RAY DIFFRACTION4B534 - 1001
5X-RAY DIFFRACTION5C3 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6C120 - 222
7X-RAY DIFFRACTION7D3 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8D120 - 221
9X-RAY DIFFRACTION9E4 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10E107 - 216
11X-RAY DIFFRACTION11F4 - 106
12X-RAY DIFFRACTION12F107 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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