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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u9x | ||||||
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タイトル | Covalent attachment of pyridoxal-phosphate derivatives to 14-3-3 proteins | ||||||
![]() | 14-3-3 protein sigma | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of epidermal cell division / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiel, P. / Roeglin, L. / Kohlbacher, O. / Ottmann, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Covalent attachment of pyridoxal-phosphate derivatives to 14-3-3 proteins. 著者: Roglin, L. / Thiel, P. / Kohlbacher, O. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 131.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26729.982 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.47 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.095M HEPES Na, 26.6% PEG400, 0.1M Calcium chloride, 5% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月8日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: curved multilayer mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→45.54 Å / Num. all: 26966 / Num. obs: 26966 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 22.755 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 35.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 28.82 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.16 Å2 / Biso mean: 17.6291 Å2 / Biso min: 3.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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