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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dhs | ||||||
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タイトル | Small-molecule inhibitors of 14-3-3 protein-protein interactions from virtual screening | ||||||
要素 | 14-3-3 PROTEIN SIGMA | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING/INHIBITOR / HELICAL PROTEIN / ADAPTER PROTEIN / PHOSPHOPROTEIN BINDING / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Thiel, P. / Roeglin, L. / Kohlbacher, O. / Ottmann, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2013 タイトル: Virtual screening and experimental validation reveal novel small-molecule inhibitors of 14-3-3 protein-protein interactions. 著者: Thiel, P. / Roglin, L. / Meissner, N. / Hennig, S. / Kohlbacher, O. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dhs.cif.gz | 70.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dhs.ent.gz | 55.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/4dhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/4dhs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26501.865 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-231 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HME1, SFN / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA DE3 / 参照: UniProt: P31947 |
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-非ポリマー , 5種, 356分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 化合物 | ChemComp-Y03 / ( | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.095M HEPES Na, 0.19M calcium chloride, 5% glycerol, 28% PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月6日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: CURVED MULTILAYER MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.74→19.473 Å / Num. all: 29773 / Num. obs: 28634 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.98 % / Biso Wilson estimate: 22.471 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 30.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 28.81 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.1763 / WRfactor Rwork: 0.1425 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8984 / SU B: 1.714 / SU ML: 0.057 / SU R Cruickshank DPI: 0.1008 / SU Rfree: 0.1032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 54.85 Å2 / Biso mean: 16.4139 Å2 / Biso min: 2.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
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