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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u2r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MarR transcription factor from Planctomyces limnophilus | ||||||
要素 | Regulatory protein MarR | ||||||
キーワード | transcription regulator / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helix-turn-helix (ヘリックスターンヘリックス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Planctomyces limnophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of MarR transcription factor from Planctomyces limnophilus 著者: Michalska, K. / Li, H. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3u2r.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3u2r.ent.gz | 53.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3u2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u2/3u2r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19897.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Planctomyces limnophilus (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_0262 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Magic / 参照: UniProt: D5SNV8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.64 M malonic acid, 0.0875 M monoammonium malate, 0.14 M sodium acetate, 0.175 M sodium formate, 0.056 M ammonium tartrate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane:NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.64 M malonic acid, 0.0875 M monoammonium malate, 0.14 M sodium acetate, 0.175 M sodium formate, 0.056 M ammonium tartrate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane:NaOH, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97929 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 10039 / Num. obs: 9939 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 48.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 993 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→32.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9335 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8937 / SU R Cruickshank DPI: 0.511 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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原子変位パラメータ | Biso mean: 60.3 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.303 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.46 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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