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- PDB-3tyx: Crystal structure of the F177S mutant of mycrocine immunity prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tyx
タイトルCrystal structure of the F177S mutant of mycrocine immunity protein (MccF) with AMP
要素Microcin immunity protein MccF
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / CSGID / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / MccF-like / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / 3-Layer(bba) Sandwich / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / Microcin immunity protein MccF / Microcin immunity protein MccF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Nocek, B. / Gu, M. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural and Functional Characterization of Microcin C Resistance Peptidase MccF from Bacillus anthracis.
著者: Nocek, B. / Tikhonov, A. / Babnigg, G. / Gu, M. / Zhou, M. / Makarova, K.S. / Vondenhoff, G. / Aerschot, A.V. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
改定 1.22012年7月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microcin immunity protein MccF
B: Microcin immunity protein MccF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6214
ポリマ－75,9262
非ポリマー6942
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.230, 118.230, 54.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Microcin immunity protein MccF


分子量: 37963.199 Da / 分子数: 2 / 変異: F177S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS1809, BA_1949, GBAA_1949 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q81RT8, UniProt: A0A6L8PEJ7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M potassium chloride, 20% Peg 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→40 Å / Num. all: 48175 / Num. obs: 47231 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GJZ

3gjz


解像度: 2.04→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 8.73 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2098 2389 5.1 %RANDOM
Rwork0.16745 ---
all0.18 47208 --
obs0.16863 44824 97.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.501 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5278 0 46 260 5584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.025505
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.9767493
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02339148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5545677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.88524.568243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.05115923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8451523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2817
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216080
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.043→2.096 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 136 -
Rwork0.245 2665 -
obs--81.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7627-6.7968-6.339916.947517.005717.18140.48480.52870.44041.2810.0688-0.66941.51330.1554-0.55360.5910.21190.06370.18960.05850.32539.684945.56441.0517
21.63633.35170.48237.1130.28892.79590.25810.0064-0.87420.3496-0.0012-1.61560.518-0.0163-0.25690.17790.0347-0.03390.1032-0.12460.9173-1.070330.6787-13.1695
33.07451.0539-1.04493.2830.15350.46540.05860.3594-0.5387-0.5036-0.1693-0.5665-0.0679-0.11740.11070.2440.14920.14180.2378-0.08680.30413.130732.2258-18.3629
40.81880.4505-0.54861.3850.52020.9845-0.2481-0.127-0.4103-0.05360.0276-0.19020.22520.1840.22050.08510.06950.10230.09240.02210.4384-2.966624.2818-4.7525
51.5695-0.1157-0.01860.0308-0.00280.01190.01810.0071-0.4794-0.0585-0.0135-0.01430.0160.024-0.00460.14960.03390.11070.12350.01750.2961-6.061332.2397-4.1064
65.60594.3828-4.22357.9637-2.59513.3018-0.1868-0.3577-0.23530.037-0.04550.02230.14660.32530.23230.05010.0369-0.00910.19040.16720.25973.488732.5126.0096
71.0647-0.18390.22460.30830.6121.8491-0.0222-0.0545-0.2493-0.050.0112-0.0373-0.02370.03260.0110.12680.01580.10550.15820.0380.3203-2.939839.717-5.5328
82.60421.61711.00551.02050.55580.7014-0.19010.2531-0.0239-0.10920.0871-0.0566-0.09860.28980.1030.1282-0.00550.13540.24310.04880.30572.756547.6628-17.0669
91.3095-0.0348-1.46586.6641-1.71392.10220.0917-0.04120.35930.01450.1777-0.4452-0.09290.0073-0.26940.0694-0.03870.020.2012-0.03230.22855.671557.0647-6.5251
100.8173-0.2492-0.59210.5589-0.30150.957-0.06570.2761-0.17670.0849-0.1576-0.0022-0.0377-0.02050.22330.1731-0.06290.06210.33770.00270.1729-10.426847.5351-24.1524
110.89720.0901-0.38471.2883-0.78450.6079-0.0435-0.1194-0.05190.04720.0038-0.0834-0.04530.03570.03970.1808-0.00210.03570.18540.01880.1688-12.29248.8610.8142
123.84053.95871.016312.57795.80932.93730.2891-1.1082-0.18870.7524-0.2322-0.1960.32820.2189-0.0570.1174-0.0243-0.00520.43040.0050.2576-9.732250.32710.3013
130.66140.3434-0.01380.223-0.17350.7046-0.00610.019-0.1211-0.00480.0022-0.03520.01750.01630.00390.18170.00890.02910.16940.02440.1806-20.197847.3429-0.7167
141.42020.5457-0.45240.2177-0.13530.4265-0.04720.12270.0407-0.03760.06650.0046-0.0713-0.0175-0.01930.18460.01560.03210.15540.02730.1651-18.469752.9492-7.052
153.738-2.31121.35223.754-1.64030.79060.0841-0.12290.0926-0.0094-0.1356-0.0841-0.02670.09720.05160.1554-0.0680.03340.25610.0150.1519-1.143956.3021-2.3365
1622.0347-6.3727.93511.8452-2.27563.3243-0.8243-0.56641.28160.24920.1451-0.3486-0.7234-0.50970.67920.7572-0.0193-0.06660.552-0.25960.319-48.513535.692719.7086
171.02140.3693-0.42760.3393-0.08290.5833-0.01590.1803-0.0533-0.0153-0.05990.0093-0.1153-0.15910.07590.13940.00530.01380.2015-0.02940.2159-50.587337.6097-0.4682
185.1014-1.0117-4.01030.34621.1994.2744-0.02630.55270.5183-0.0833-0.14840.1125-0.2366-0.54970.17480.12990.0639-0.06640.25680.0840.439-50.277146.27860.6993
191.6640.6296-0.61690.3507-0.08670.97980.03320.01190.09620.0318-0.06340.054-0.0975-0.01180.03020.16130.01030.01550.17250.01780.1611-39.581147.44955.9302
201.40670.76750.06370.58860.50461.3848-0.0521-0.1079-0.1273-0.012-0.1010.0017-0.025-0.00840.15310.1567-0.01560.04050.18850.03310.1984-39.624936.46039.5026
211.11970.45990.87590.3329-0.01132.1079-0.2588-0.0247-0.4553-0.1575-0.0082-0.2671-0.0754-0.08860.26690.1278-0.05080.14710.1271-0.07190.5871-49.792223.89932.599
222.3173-1.15971.44154.32150.27641.16640.0657-0.2934-0.4878-0.10510.2540.11160.011-0.1305-0.31970.1182-0.05180.05960.24080.10790.2881-50.016526.463715.8405
230.44880.41761.1465.33547.263310.73630.1723-0.1899-0.35840.0766-0.09690.22010.3568-0.4582-0.07540.1371-0.10710.04280.10480.0750.629-42.683117.942111.3528
246.1873-1.3868-2.27681.37410.9721.03890.15521.4425-1.1039-0.2835-0.4665-0.0341-0.1586-0.60520.31130.06880.05590.0730.3973-0.29310.4382-42.993121.1467-7.7373
251.24010.5439-0.47191.1071-0.26120.1884-0.055-0.2918-0.3599-0.028-0.1022-0.2275-0.00160.110.15720.1566-0.00420.03580.20080.10640.2656-26.635429.376411.1374
262.397-2.72081.2711.2313-10.920511.86590.28630.02170.00490.3759-0.472-0.129-0.65430.79950.18580.1775-0.0432-0.06520.41240.07480.2224-23.633.723118.4601
270.6832-0.0636-0.49690.30880.25920.5223-0.1626-0.0546-0.5034-0.0389-0.091-0.11210.0417-0.01910.25360.14730.00940.12250.1050.08860.4582-23.672226.0223.4231
282.5703-0.6825-1.6760.7762-0.02882.0671-0.2407-0.054-0.6904-0.0823-0.1293-0.23120.0943-0.27410.370.07890.11850.23320.27080.32230.699-19.088717.95035.315
292.7332-0.5621-0.07850.11680.02570.1227-0.0913-0.2167-0.67060.00390.04060.1318-0.1235-0.06240.05070.21270.010.05280.17090.06130.3516-36.710424.10959.0741
300.9535-0.3924-1.62843.90792.59153.76640.0792-0.5767-0.5603-0.0581-0.9339-0.0004-0.12610.37780.85470.0735-0.02810.04030.72310.41450.4308-37.566921.021718.693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3A28 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4A52 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5A78 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6A95 - 105
7X-RAY DIFFRACTION7A106 - 142
8X-RAY DIFFRACTION8A143 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9A160 - 167
10X-RAY DIFFRACTION10A168 - 193
11X-RAY DIFFRACTION11A194 - 223
12X-RAY DIFFRACTION12A224 - 229
13X-RAY DIFFRACTION13A230 - 257
14X-RAY DIFFRACTION14A258 - 309
15X-RAY DIFFRACTION15A310 - 333
16X-RAY DIFFRACTION16B2 - 8
17X-RAY DIFFRACTION17B9 - 42
18X-RAY DIFFRACTION18B43 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19B53 - 103
20X-RAY DIFFRACTION20B104 - 141
21X-RAY DIFFRACTION21B142 - 154
22X-RAY DIFFRACTION22B155 - 160
23X-RAY DIFFRACTION23B161 - 173
24X-RAY DIFFRACTION24B174 - 194
25X-RAY DIFFRACTION25B195 - 222
26X-RAY DIFFRACTION26B223 - 228
27X-RAY DIFFRACTION27B229 - 277
28X-RAY DIFFRACTION28B278 - 295
29X-RAY DIFFRACTION29B296 - 317
30X-RAY DIFFRACTION30B318 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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