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Yorodumi- PDB-3u1b: Crystal structure of the S238R mutant of mycrocine immunity prote... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3u1b | ||||||
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Title | Crystal structure of the S238R mutant of mycrocine immunity protein (MccF) with AMP | ||||||
Components | Microcin immunity protein MccF | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / microcine immunity protein / MccF-like / AMP | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacillus anthracis (anthrax bacterium) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.604 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Gu, M. / Zhou, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2012 Title: Structural and Functional Characterization of Microcin C Resistance Peptidase MccF from Bacillus anthracis. Authors: Nocek, B. / Tikhonov, A. / Babnigg, G. / Gu, M. / Zhou, M. / Makarova, K.S. / Vondenhoff, G. / Aerschot, A.V. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Severinov, K. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3u1b.cif.gz | 288.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3u1b.ent.gz | 233.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3u1b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/3u1b | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3gjzSC 3sr3C 3t5mC 3tyxC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38093.410 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S238R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus anthracis (anthrax bacterium) / Strain: Ames / Gene: BAS1809, BA_1949, GBAA_1949 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21DE3 / References: UniProt: Q81RT8, UniProt: A0A6L8PEJ7*PLUS #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.61 Å3/Da / Density % sol: 52.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 30% Peg 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2011 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.604→34 Å / Num. all: 102999 / Num. obs: 101972 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 21 |
Reflection shell | Resolution: 1.604→1.63 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3GJZ Resolution: 1.604→33.688 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2 / Phase error: 19.17 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.01 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.732 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.604→33.688 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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