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- PDB-3tn7: Crystal structure of short-chain alcohol dehydrogenase from hyper... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn7
タイトルCrystal structure of short-chain alcohol dehydrogenase from hyperthermophilic archaeon Thermococcus sibiricus complexed with 5-hydroxy-NADP
要素Short-chain alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NADP-dependent dehydrogenase / short-chain dehydrogenase / 5-hydroxy-NADP / thermophile (好熱菌) / archaea (古細菌) / Rossmann Fold (ロスマンフォールド) / oxidation of alcohols and reductions of ketones and aldehydes
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NJP / Short-chain alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus sibiricus (テルモコックス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Bezsudnova, E.Y. / Stekhanova, T.N. / Gumerov, V.M. / Mardanov, A.V. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Kovalchuk, M.V. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the molecular basis of polyextremophilicity of short-chain alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus sibiricus.
著者: Bezsudnova, E.Y. / Boyko, K.M. / Polyakov, K.M. / Dorovatovskiy, P.V. / Stekhanova, T.N. / Gumerov, V.M. / Ravin, N.V. / Skryabin, K.G. / Kovalchuk, M.V. / Popov, V.O.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain alcohol dehydrogenase
B: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0815
ポリマ－57,4682
非ポリマー1,6133
水5,296294
1
A: Short-chain alcohol dehydrogenase
B: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Short-chain alcohol dehydrogenase
B: Short-chain alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,16210
ポリマ－114,9364
非ポリマー3,2266
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area13060 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.180, 55.500, 82.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Short-chain alcohol dehydrogenase


分子量: 28733.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His6 tag
由来: (組換発現) Thermococcus sibiricus (テルモコックス属)
株: MM 739 / DSM 12597 / 遺伝子: TSIB_0319 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami DE3 / 参照: UniProt: C6A190
#2: 化合物 ChemComp-NJP / 5-hydroxy-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 5-hydroxy-NADP


分子量: 760.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O18P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.3M NaCl, PEG 3350 25%, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.985 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月27日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→30 Å / Num. all: 62702 / Num. obs: 47643 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 22.724 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 18.35
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.68-1.790.433.6324008001174.1
1.79-1.90.285.58299976818180.9
1.9-20.1918.22218804907179.8
2-2.10.14410.78179524001179.7
2.1-2.20.10814.05148963268178.8
2.2-2.50.08418.02317716852177
2.5-3.50.04530.05432758982174
3.5-4.60.02357.97139322759169.6
4.6-80.02258.1988681683166.4
8-300.01872.351866372160.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å26.9 Å
Translation4 Å26.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L77

3l77


解像度: 1.68→26.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / WRfactor Rfree: 0.1564 / WRfactor Rwork: 0.1291 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.901 / SU B: 1.498 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.1036 / SU Rfree: 0.1023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1808 2419 5.1 %RANDOM
Rwork0.1457 ---
all0.1476 62500 --
obs0.1476 47643 76.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.52 Å2 / Biso mean: 16.7643 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å2-0.4 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→26.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3672 0 104 294 4070
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193929
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.012.0115328
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1893.0026588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9255474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25523.182176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.46815699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8161536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02826
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 146 -
Rwork0.228 2750 -
all-2896 -
obs--63.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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