[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4i5g: Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase mutant N... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i5g | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase mutant N15G, G37D, R38V, R39S, A86N, S88A | ||||||
Components | Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / short-chain-dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / Ralstonia sp. / alcohol dehydrogenase / RasADH / cosubstrate specificity / NADH / S-phenylethanol | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Jarasch, A. / Lerchner, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: Biotechnol.Bioeng. / Year: 2013 Title: Crystallographic analysis and structure-guided engineering of NADPH-dependent Ralstonia sp. Alcohol dehydrogenase toward NADH cosubstrate specificity. Authors: Lerchner, A. / Jarasch, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i5g.cif.gz | 703 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4i5g.ent.gz | 586.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i5g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5g | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4i5dC 4i5eSC 4i5fC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28077.693 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: N15G, G37D, R38V, R39S, A86N, S88A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia sp. (bacteria) / Strain: DSMZ 6428 / Gene: RasADH / Plasmid: pASK-IBA35plus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: C0IR58 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 12% PEG2000, 50mM Hepes/NaOH, 100 mM LiCl, 5mM NAD+, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 110660 / Num. obs: 110660 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 34.693 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 7.63 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Starting model: 4I5E Resolution: 2.3→29.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.264 / WRfactor Rwork: 0.214 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.7451 / SU B: 13.154 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.29 / SU Rfree: 0.2385 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.239 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 185.08 Å2 / Biso mean: 30.187 Å2 / Biso min: 4.68 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→29.9 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|