[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4i5d: Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in its a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i5d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Ralstonia sp. alcohol dehydrogenase in its apo form | ||||||
Components | Alclohol dehydrogenase/short-chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / short-chain-dehydrogenases/reductases / Rossmann fold / Ralstonia sp. / alcohol dehydrogenase / RasADH / cosubstrate specificity / NADH / S-phenylethanol | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Ralstonia sp. (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Jarasch, A. / Lerchner, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
Citation | Journal: Biotechnol.Bioeng. / Year: 2013 Title: Crystallographic analysis and structure-guided engineering of NADPH-dependent Ralstonia sp. Alcohol dehydrogenase toward NADH cosubstrate specificity. Authors: Lerchner, A. / Jarasch, A. / Meining, W. / Schiefner, A. / Skerra, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i5d.cif.gz | 361.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4i5d.ent.gz | 294.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i5d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/4i5d | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 4i5eSC 4i5fC 4i5gC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28177.861 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ralstonia sp. (bacteria) / Strain: DSMZ 6428 / Gene: RasADH / Plasmid: pASK-IBA35plus / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: C0IR58 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.78 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 24% PEG3000, 100mM Tris/HCl, 200 mM Li2SO4, 10mM NAD+, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.91841 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Apr 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→30 Å / Num. all: 91854 / Num. obs: 91854 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.993 % / Biso Wilson estimate: 42.351 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 13.25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Starting model: 4I5E Resolution: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2026 / WRfactor Rwork: 0.1706 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / FOM work R set: 0.8292 / SU B: 7.744 / SU ML: 0.172 / SU R Cruickshank DPI: 0.3395 / SU Rfree: 0.2324 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.339 / ESU R Free: 0.232 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.81 Å2 / Biso mean: 39.4232 Å2 / Biso min: 7.96 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|