PDB-3tmm: TFAM imposes a U-turn on mitochondrial DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tmm

タイトル

TFAM imposes a U-turn on mitochondrial DNA

要素

(DNA (28-MER)) x 2
Transcription factor A, mitochondrial

キーワード

TRANSCRIPTION/DNA / HMG /

High Mobility Group (高移動度群タンパク質) /

Transcription (転写 (生物学)) /

LSP1 /

DNA (デオキシリボ核酸) /

Mitochondria (ミトコンドリア) / TRANSCRIPTION-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial transcription initiation / mitochondrial transcription factor activity /

transcription initiation at mitochondrial promoter / mitochondrial respiratory chain complex assembly / mitochondrial promoter sequence-specific DNA binding / mitochondrial transcription / DNA binding, bending / mitochondrial nucleoid /

Mitochondrial protein degradation /

heat shock protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5001 Å

データ登録者

Ngo, H.B. / Kaiser, J.T. / Chan, D.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The mitochondrial transcription and packaging factor Tfam imposes a U-turn on mitochondrial DNA.
著者: Ngo, H.B. / Kaiser, J.T. / Chan, D.C.

履歴

登録	2011年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月16日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3tmm.ent.gz	131.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/3tmm	HTTPS FTP

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcription factor A, mitochondrial

B: DNA (28-MER)

C: DNA (28-MER)

45.6 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.438, 81.911, 161.254
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

20_bss: 99

#1: タンパク質	Transcription factor A, mitochondrial / mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / ...mtTFA / Mitochondrial transcription factor 1 / MtTF1 / Transcription factor 6 / TCF-6 / Transcription factor 6-like 2 分子量: 28425.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Mitochondrial / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCF6, TCF6L2, TFAM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q00059
#2: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8786.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Oligonucleotide
#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8422.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic Oligonucleotide
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 29% PEG 400, 0.15 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate,pH 4.2, 400 mM NDSB211, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	1	0.97864, 0.91837, 0.97898
シンクロトロン	SSRL	BL12-2	2	0.97864, 0.91837, 0.97898

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2009年12月18日
MARMOSAIC 325 mm CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97864	1
2	0.91837	1
3	0.97898	1

反射

解像度: 2.5→24.192 Å / Num. obs: 15812 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.64	1,2	99.5
2.64-2.8	1,2	99.1
2.8-2.99	1,2	99.2
2.99-3.23	1,2	98.8
3.23-3.54	1,2	99.1
3.54-3.95	1,2	98.9
3.95-4.56	1,2	98.6
4.56-5.59	1,2	95.1
5.59-7.91	1,2	97.2
7.91-25	1,2	87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6_289)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5001→24.192 Å / SU ML: 0.78 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2478	756	4.78 %
R_work	0.1948	-	-
obs	0.1973	15812	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 44.55 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.2956 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3081 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.9875 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5001→24.192 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1641	1148	0	80	2869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2958
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.225	4215
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.272	1239
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	339

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5001-2.6929	0.3703	150	0.3233	3003	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6929-2.9635	0.3679	152	0.2825	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9635-3.3913	0.2518	131	0.2165	3004	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3913-4.2689	0.2426	158	0.1784	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2689-24.1926	0.1966	165	0.1501	3016	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5308	2.4716	-4.5475	5.3277	-7.1303	9.753	0.3833	-0.7975	1.2687	0.7799	0.3117	0.2801	-1.5812	-0.41	0.1953	0.4653	-0.0008	-0.2431	0.3771	0.1572	0.4361	25.2764	2.649	26.2307
2	0.56	-0.0815	0.4287	0.0389	-0.2268	0.6369	-0.0652	-0.0979	-0.2314	-0.3512	0.1176	-0.0445	-0.5148	0.0007	-0.1421	0.5574	0.021	-0.191	0.3976	-0.0531	0.3825	40.6925	-7.3623	35.4732
3	7.7278	1.615	3.3809	4.272	-0.9673	6.7358	0.4961	-0.0194	0.5506	1.9397	-0.2222	-0.1928	-0.0489	0.2561	-0.3193	0.7152	0.0077	-0.1384	0.3782	-0.0629	0.3518	48.9605	0.8486	46.8327
4	1.8679	-0.2612	0.6707	3.968	-1.3347	2.3189	0.882	-0.9561	0.5428	1.5963	-0.1338	-1.2521	-0.6538	1.2067	-0.3899	0.6605	-0.1868	-0.0814	0.7394	-0.1122	0.4714	54.9786	4.8755	40.6697
5	0.6798	-1.8529	1.2407	6.8713	-4.2662	3.4533	-0.8909	-0.0349	-0.017	0.6312	0.6842	-0.9347	-0.403	0.4151	0.3787	0.553	0.1006	-0.1448	0.4414	0.0181	0.5127	55.6096	-7.2334	40.5213
6	6.7476	-1.9547	-1.0409	0.715	0.1626	0.5297	0.3409	0.9939	-1.0018	0.2284	-0.1182	0.1351	0.5153	-0.3074	-1.4275	0.4182	0.0726	-0.1773	-0.1156	0.0626	0.1557	44.0287	-17.4163	39.6262
7	3.6438	-1.2852	1.7681	0.8155	-0.8074	3.7972	0.1363	0.6432	-0.598	0.2646	0.2174	0.357	1.0049	0.3676	-0.2794	0.7411	0.0042	-0.0953	0.2339	-0.0384	0.3616	29.0795	-13.0421	31.138
8	4.5412	5.6711	3.3876	8.4977	3.6967	2.9052	-0.0706	-1.358	0.408	0.033	-0.8537	0.7237	-1.0675	0.7033	0.7043	0.7033	-0.0508	-0.16	0.4696	-0.0511	0.2551	21.2536	-8.9458	25.8908
9	5.9238	-1.0212	1.3425	8.3647	5.2271	3.9143	-0.0238	-0.0955	0.6786	-0.9343	-0.2513	-0.1329	-1.0746	0.0126	0.1366	0.3638	-0.0164	-0.1754	0.2853	0.0449	0.3268	18.6365	-1.1309	18.8605
10	2.988	1.9185	1.8009	7.021	5.076	6.7001	-0.6669	0.6347	-0.151	0.8	0.3883	-0.9456	0.8756	-0.3053	-0.1613	0.2504	-0.095	-0.1638	0.2387	0.0437	0.283	27.3373	2.3016	17.8749
11	8.0433	-1.6926	4.9897	2.0068	-3.0937	6.2232	0.5094	-0.0878	-1.4786	-0.8415	0.1147	0.8754	2.2919	-0.0751	-0.4488	0.6271	-0.0747	0.0005	0.2153	0.0651	0.5715	37.2216	4.905	17.0034
12	5.4194	-1.4174	-3.0679	7.9658	3.936	3.8594	1.2543	0.5241	-0.0042	0.7186	-1.2202	1.0021	-0.3923	-0.1931	0.0115	0.4558	-0.0437	0.0474	0.2427	0.1749	0.6495	47.5815	10.4772	17.6709
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23	8.8352	6.2749	-6.2085	5.2793	-2.4155	8.8995	1.173	-0.9609	-1.0843	1.8595	-1.798	0.3547	-0.7731	-0.0628	0.5013	1.1317	0.0303	0.2529	0.4327	0.0802	0.4543	37.5725	20.7869	29.0811
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25	0.7978	-0.2175	0.5963	2.8387	0.1267	0.4275	-0.4312	0.4898	0.0462	-2.2666	0.0881	-0.0449	-0.8122	0.0383	0.288	0.9656	0.076	-0.1285	0.4278	-0.0825	0.271	45.7395	-11.4417	28.6214
26	2.4354	1.9755	-2.4077	5.6764	-3.7289	3.1791	-0.4631	1.1964	0.2241	-1.532	1.1554	-0.2624	1.4694	-1.0611	-0.4933	1.3258	0.2419	-0.0646	0.82	-0.0925	0.2171	41.5962	-10.4736	14.0264
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28	6.4272	4.2313	7.0241	8.1021	5.9081	8.0387	-2.3659	0.0651	0.0745	-1.7762	1.1433	-0.5324	-6.0934	-0.4277	1.3983	1.9093	0.28	-0.1571	0.3544	-0.1049	0.161	43.4863	-4.508	23.2347
29	7.8635	3.2043	0.2298	3.6544	3.8246	9.4771	0.8017	-0.2959	1.017	-1.6882	-1.2774	0.2543	-3.0489	0.1101	0.3649	0.9642	0.0076	-0.0251	0.2393	-0.0292	0.3106	44.8101	4.8754	36.9223
30	5.7476	0.0242	4.8466	0.8071	0.2894	7.4648	0.4623	0.0393	-0.9368	0.7506	0.1687	1.6586	0.27	-0.0934	-0.9777	0.5877	-0.1337	-0.1386	0.0766	0.0375	0.5277	48.8696	16.5676	28.3413
31	4.6983	-6.0862	-0.8911	8.6885	3.2156	6.7525	0.9665	0.6509	-0.7245	-0.498	-0.3611	0.6245	-1.1097	-1.2872	-0.5948	0.3756	0.1527	-0.0369	0.4621	0.1504	0.4956	35.1931	21.351	18.9332
32	5.5625	-3.8148	-1.0093	5.4852	-2.3076	4.9593	-0.1331	0.8831	-0.1369	-0.8581	0.021	0.4435	1.0545	0.3671	0.0056	0.3077	0.0865	-0.0459	0.3363	-0.0417	0.3073	37.4185	29.1539	7.1115
33	4.2778	1.3176	0.9606	5.0144	5.8003	6.9918	1.111	0.7331	-0.6812	-0.8576	-1.2801	0.1281	0.4135	-0.9081	0.3869	0.5202	0.0331	-0.0535	0.7346	-0.3702	0.5956	46.0138	17.6129	-0.3169

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:7)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 8:19)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:31)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 32:39)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 40:48)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 49:63)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 64:72)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 73:77)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 78:85)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 86:91)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 92:99)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 100:106)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 107:116)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 117:137)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 138:149)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 150:162)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 163:167)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 168:179)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 180:185)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 186:191)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 1:4)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 5:10)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 11:14)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 15:20)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 21:24)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 25:28)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain C and resid 1:4)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain C and resid 5:8)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain C and resid 9:12)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain C and resid 13:16)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain C and resid 17:20)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain C and resid 21:24)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain C and resid 25:28)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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