[日本語] English
万見
- PDB-4fqc: Crystal Structure of PGT121 Fab Bound to a complex-type sialylate... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fqc
タイトルCrystal Structure of PGT121 Fab Bound to a complex-type sialylated N-glycan
要素
  • Fab heavy chainFragment antigen-binding
  • Fab light chainFragment antigen-binding
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / IG FOLD / ANTI HIV / ANTIBODY (抗体)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Scharf, L. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Complex-type N-glycan recognition by potent broadly neutralizing HIV antibodies.
著者: Mouquet, H. / Scharf, L. / Euler, Z. / Liu, Y. / Eden, C. / Scheid, J.F. / Halper-Stromberg, A. / Gnanapragasam, P.N. / Spencer, D.I. / Seaman, M.S. / Schuitemaker, H. / Feizi, T. / ...著者: Mouquet, H. / Scharf, L. / Euler, Z. / Liu, Y. / Eden, C. / Scheid, J.F. / Halper-Stromberg, A. / Gnanapragasam, P.N. / Spencer, D.I. / Seaman, M.S. / Schuitemaker, H. / Feizi, T. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2012年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Advisory / Data collection
改定 1.22012年12月12日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年5月19日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0264
ポリマ－48,9462
非ポリマー2,0802
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5880 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area21650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.787, 67.787, 94.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain / Fragment antigen-binding


分子量: 26343.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain / Fragment antigen-binding


分子量: 22602.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: homo sapiens (ヒト)
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1916.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-6DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-3[DGlcpNAcb1-2DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/6,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-4-5-3-1-6/a4-b1_a6-j1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e4-f1_f6-g2_h2-i1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(6+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.32 %
結晶化温度: 298 K / pH: 5.5
詳細: PEG 10000, Bis Tris HCl, CH3COOHNH4, pH 5.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.033
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月9日
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN-COOLED DOUBLE CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.209→38.656 Å / Num. obs: 20621 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.21→2.33 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.691 / % possible all: 65.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å38.66 Å
Translation2.5 Å38.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→38.656 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 834 4.96 %
Rwork0.201 --
obs0.2031 16831 95.99 %
all-17535 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3271 0 141 146 3558
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9494771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9421269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.55050.35081450.25642686X-RAY DIFFRACTION99
2.5505-2.74740.3351410.24972704X-RAY DIFFRACTION98
2.7474-3.02370.2811400.23172695X-RAY DIFFRACTION99
3.0237-3.4610.24131390.2092634X-RAY DIFFRACTION96
3.461-4.35960.22281310.17072621X-RAY DIFFRACTION93
4.3596-38.66110.18081380.1762657X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7689-0.862-1.59882.5196-0.54742.4136-0.0435-0.2209-0.11480.05720.0406-0.05120.12550.15420.00730.1922-0.0202-0.01820.1453-0.01150.1066-29.1052-1.1426-28.2499
22.5366-1.18810.76710.9378-0.63370.4640.02270.19120.0572-0.0372-0.0892-0.05050.06530.10010.06460.2266-0.01650.00490.1612-0.02140.1292-14.1242-2.6627-21.3212
31.6961-2.41051.82193.8097-2.08442.33490.0004-0.0734-0.02440.4190.3505-0.1511-0.2185-0.1096-0.09710.22230.02030.04660.2215-0.04690.2031-32.79086.341-0.1661
41.7111-1.18350.91972.3118-0.95462.29860.0899-0.224-0.4125-0.04950.16930.40730.232-0.2281-0.25710.20710.0042-0.00080.20090.04270.2884-38.5691-0.4617-10.3279
51.1178-1.44671.29452.7056-1.17571.9606-0.0859-0.23030.02780.09310.16780.1243-0.0261-0.1083-0.11610.1902-0.03760.03270.21930.03990.2713-36.86797.1838-7.7261
63.2976-0.3824-0.43740.57930.27410.1476-0.0408-0.2774-0.070.1612-0.02270.21470.10450.07320.09740.2782-0.00880.00750.20080.0290.1971-17.8283-4.8439-0.6332
73.16741.2101-0.74623.6048-0.62591.7857-0.013-0.06110.0936-0.1689-0.0719-0.2227-0.1490.04910.04360.16510.03180.00950.18910.01040.153-5.12580.8713-8.4189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 51 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 52 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 10 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 31 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 62 through 98 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 99 through 119 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 120 through 209 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る