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Yorodumi- PDB-3thd: Crystal structure of human beta-galactosidase in complex with 1-d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3thd | ||||||
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Title | Crystal structure of human beta-galactosidase in complex with 1-deoxygalactonojirimycin | ||||||
Components | Beta-galactosidase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / BETA-GALACTOSIDASE / TIM-BARREL DOMAIN / GLYCOSYL HYDROLASE / Glycosylation | ||||||
Function / homology | Function and homology information MPS IV - Morquio syndrome B / response to cortisone / keratan sulfate catabolic process / response to Thyroglobulin triiodothyronine / Defective NEU1 causes sialidosis / Keratan sulfate degradation / galactose catabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / Sialic acid metabolism / HS-GAG degradation ...MPS IV - Morquio syndrome B / response to cortisone / keratan sulfate catabolic process / response to Thyroglobulin triiodothyronine / Defective NEU1 causes sialidosis / Keratan sulfate degradation / galactose catabolic process / heparan sulfate proteoglycan catabolic process / Sialic acid metabolism / HS-GAG degradation / glycosphingolipid catabolic process / galactoside binding / Glycosphingolipid catabolism / beta-galactosidase / vacuole / beta-galactosidase activity / lysosomal lumen / azurophil granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / carbohydrate metabolic process / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.79 Å | ||||||
Authors | Ohto, U. / Shimizu, T. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012 Title: Crystal structure of human beta-galactosidase: structural basis of Gm1 gangliosidosis and morquio B diseases Authors: Ohto, U. / Usui, K. / Ochi, T. / Yuki, K. / Satow, Y. / Shimizu, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3thd.cif.gz | 983.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3thd.ent.gz | 817.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3thd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3thcC 3d3aS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 20 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 73665.336 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GLB1, ELNR1 / Production host: Pichia pastoris (fungus) / References: UniProt: P16278, beta-galactosidase #2: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 5 types, 2208 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-DGJ / ( #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-EDO / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 52.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 20% (w/v) PEG3350 0.2M ammonium sulfate 100mM Tris HCl pH 8.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NW12A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: Oct 24, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.79→29.29 Å / Num. obs: 249160 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3D3A Resolution: 1.79→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.008 / SU ML: 0.087 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.127 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.053 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.79→29.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.794→1.841 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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