PDB-3tgn: Crystal Structure of the zinc-dependent MarR Family Transcription...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tgn

タイトル

Crystal Structure of the zinc-dependent MarR Family Transcriptional Regulator AdcR in the Zn(II)-bound State

要素

Adc operon repressor AdcR

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Helix-turn-Helix (ヘリックスターンヘリックス) /

Transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity /

DNA binding /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Guerra, A.J. / Dann III, C.E. / Giedroc, D.P.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of the Zinc-Dependent MarR Family Transcriptional Regulator AdcR in the Zn(II)-Bound State.
著者: Guerra, A.J. / Dann, C.E. / Giedroc, D.P.

履歴

登録	2011年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tgn.cif.gz	127.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tgn.ent.gz	100.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tgn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/3tgn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5gnp-d 4hhe-d 2iyn-d 7bwf-d 4q57-d 1qbj-d 3oei-3 6d8z-1 5dko-d 6yxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adc operon repressor AdcR

B: Adc operon repressor AdcR

ヘテロ分子

33.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.848, 57.621, 85.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Adc operon repressor AdcR 分子量: 16628.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: D39 / NCTC 7466 / 遺伝子: adcR, SPD_2000 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04I02
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 18 % PEG 10000, 20 % glycerol, 0.1 M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月23日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 19294 / Num. obs: 18718 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	5.6	0.287	1	99.7
2.03-2.07	5.7	0.247	1	97.5
2.07-2.11	5.6	0.207	1	99.3
2.11-2.15	5.7	0.199	1	97.8
2.15-2.2	5.7	0.239	1	98.5
2.2-2.25	5.7	0.137	1	98.4
2.25-2.31	5.7	0.166	1	97.2
2.31-2.37	5.7	0.149	1	98.9
2.37-2.44	5.7	0.115	1	97.7
2.44-2.52	5.7	0.11	1	96.9
2.52-2.61	5.7	0.097	1	97.3
2.61-2.71	5.7	0.089	1	97.7
2.71-2.84	5.7	0.08	1	97.2
2.84-2.99	5.8	0.075	1	96.8
2.99-3.17	5.7	0.062	1	96.5
3.17-3.42	5.7	0.05	1	96.1
3.42-3.76	5.7	0.041	1	95.9
3.76-4.31	5.7	0.04	1	95.5
4.31-5.43	5.7	0.041	1	94.3
5.43-50	5.4	0.046	1	92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	AutoSol	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	AutoSol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47.773 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2497	1773	10.01 %	RANDOM
R_work	0.1847	-	-	-
all	0.1912	19294	-	-
obs	0.1912	17718	91.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.694 Å² / k_sol: 0.326 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8093 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.8533 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.044 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.773 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2200	0	4	302	2506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2247
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.624	3050
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.413	809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	387

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0518	0.2767	134	0.1876	1164	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0518-2.1121	0.2767	144	0.1703	1231	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1121-2.1803	0.2529	132	0.1886	1167	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1803-2.2582	0.4355	126	0.2912	1087	X-RAY DIFFRACTION	83
2.2582-2.3486	0.3124	116	0.2381	1085	X-RAY DIFFRACTION	82
2.3486-2.4555	0.2487	136	0.189	1259	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4555-2.585	0.2298	138	0.1848	1236	X-RAY DIFFRACTION	94
2.585-2.7469	0.2295	142	0.1809	1263	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7469-2.959	0.2458	138	0.1874	1273	X-RAY DIFFRACTION	96
2.959-3.2567	0.2585	139	0.1818	1274	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2567-3.7278	0.2252	140	0.1724	1271	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7278-4.696	0.2041	144	0.1502	1287	X-RAY DIFFRACTION	93
4.696-47.7865	0.2218	144	0.1784	1348	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8013	-0.5021	-1.5667	0.8088	0.7388	1.9242	0.0394	-0.235	0.0654	0.0999	0.1312	-0.0962	-0.0156	0.1658	-0.1311	0.1192	-0.0162	-0.0009	0.1091	0.0171	0.0929	14.3671	31.4194	52.102
2	1.3764	0.3473	-0.807	0.9344	-0.2323	1.1151	0.0204	-0.2146	-0.0942	0.2104	0.014	-0.0552	-0.0055	0.2068	-0.02	0.108	0.0112	-0.0118	0.1183	0.0139	0.0895	28.5373	23.3411	32.5759
3	1.2354	-0.6664	-0.5603	2.2869	0.4634	1.0165	0.0871	0.0896	0.1508	-0.1025	-0.0123	-0.1521	-0.1047	0.0452	-0.0416	0.1053	-0.0099	-0.0041	0.1425	-0.0011	0.1089	33.7024	31.7538	24.4697
4	4.9101	-0.3066	-2.9133	0.4841	0.2935	2.186	-0.1101	0.2223	-0.5281	0.0561	-0.1295	0.0795	0.0234	-0.1545	0.2343	0.1271	0.004	-0.0055	0.0925	-0.0131	0.1529	20.5049	17.7982	31.4155
5	1.657	1.6876	0.4806	4.071	0.6151	1.709	-0.0754	-0.0507	0.1787	-0.1182	-0.0473	0.3327	-0.2285	-0.153	0.0859	0.0993	-0.0416	-0.0012	0.1237	-0.0087	0.0958	3.1662	30.4238	41.5568
6	3.3312	1.0637	0.1316	1.9605	0.1109	2.0121	-0.109	0.0953	0.0359	-0.3468	0.022	0.0152	-0.1279	0.0628	0.0577	0.1249	0.0139	0.0302	0.0719	0.0086	0.1192	12.9789	29.4661	36.5038
7	2.2305	0.6989	0.4819	1.8581	0.652	1.7641	-0.038	0.1235	0.0486	-0.0646	0.0722	0.1309	-0.1542	0.3197	-0.0769	0.1128	0.0289	0.0066	0.1696	0.0089	0.1327	25.849	44.66	53.9679
8	1.2189	-0.6531	0.3092	1.8428	0.1665	2.2308	-0.0007	0.3809	-0.1588	-0.0822	-0.2377	0.2883	0.0723	-0.0814	0.2115	0.1826	0.0343	0.0266	0.296	-0.0074	0.1899	36.3737	41.4557	63.6263
9	1.7504	0.2893	0.4017	0.8197	0.1864	1.0532	0.0138	-0.1795	0.0464	0.0846	-0.0531	0.0541	0.1029	-0.037	0.0161	0.104	0.0116	0.0129	0.1109	0.0147	0.0773	11.5673	36.5471	52.9786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 19:49)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 50:98)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 99:125)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 126:145)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1:19)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 20:50)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 51:98)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 99:146)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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