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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tdl | ||||||
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タイトル | Structure of human serum albumin in complex with DAUDA | ||||||
要素 | Serum albumin | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / PROTEIN-DRUG COMPLEX / Human serum albumin / Myristate (ミリスチン酸) / DAUDA / fluorescent fatty acid analogue / protein binding (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / small molecule binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Luo, Z. / Shi, X. / Wang, H. / Nie, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011 タイトル: A fluorescent fatty acid probe, DAUDA, selectively displaces two myristates bound in human serum albumin 著者: Wang, Y. / Luo, Z. / Shi, X. / Wang, H. / Nie, L. / Huang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tdl.cif.gz | 129.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tdl.ent.gz | 100.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tdl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/3tdl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bj5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66571.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P02768 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MYR / #3: 化合物 | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 28-32% (w/v) polyethylene glycol 3350, 50mM potassium phosphate (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.04 Å |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→99 Å / Num. obs: 17658 / Biso Wilson estimate: 48.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BJ5 解像度: 2.6→35.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1984703.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.7034 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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