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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xvv | ||||||
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タイトル | Human serum albumin complexed with dansyl-L-asparagine and myristic acid | ||||||
要素 | SERUM ALBUMIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Ghuman, J. / Curry, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011 タイトル: Structural Basis of Binding of Fluorescent, Site-Specific Dansylated Amino Acids to Human Serum Albumin. 著者: Ryan, A.J. / Ghuman, J. / Zunszain, P.A. / Chung, C.W. / Curry, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2xvv.cif.gz | 129 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2xvv.ent.gz | 99.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2xvv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xv/2xvv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66543.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P02768 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-MYR / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE NUMBERING IS OF MATURE (SECRETED) PROTEIN. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: SEE PAPER, pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→22.5 Å / Num. obs: 25305 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1E7G 解像度: 2.4→22.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1792826.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.6896 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→22.09 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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