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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3sqf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of monomeric M-PMV retroviral protease | ||||||
要素 | Proteaseプロテアーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / folded monomer / retroviral protease folded as a monomer / aspartic protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / retroviral protease / retropepsin / D-type retrovirus | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / viral process / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6324 Å | ||||||
データ登録者 | Jaskolski, M. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Pichova, I. / Zabranska, H. / Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Thompson, J. ...Jaskolski, M. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Pichova, I. / Zabranska, H. / Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Thompson, J. / Popovic, Z. / Baker, D. / Group, Foldit Contenders | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011 タイトル: Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. 著者: Khatib, F. / DiMaio, F. / Cooper, S. / Kazmierczyk, M. / Gilski, M. / Krzywda, S. / Zabranska, H. / Pichova, I. / Thompson, J. / Popovic, Z. / Jaskolski, M. / Baker, D. #1: ジャーナル: Virology / 年: 1998 タイトル: Three active forms of aspartic proteinase from Mason-Pfizer monkey virus. 著者: Zabransky, A. / Andreansky, M. / Hruskova-Heidingsfeldova, O. / Havlicek, V. / Hunter, E. / Ruml, T. / Pichova, I. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Three-dimensional structure of a monomeric form of a retroviral protease. 著者: Veverka, V. / Bauerova, H. / Zabransky, A. / Lang, J. / Ruml, T. / Pichova, I. / Hrabal, R. #3: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Crystal structure of a retroviral protease proves relationship to aspartic protease family. 著者: Miller, M. / Jaskolski, M. / Rao, J.K. / Leis, J. / Wlodawer, A. #4: ジャーナル: Science / 年: 1989 タイトル: Conserved folding in retroviral proteases: crystal structure of a synthetic HIV-1 protease. 著者: Wlodawer, A. / Miller, M. / Jaskolski, M. / Sathyanarayana, B.K. / Baldwin, E. / Weber, I.T. / Selk, L.M. / Clawson, L. / Schneider, J. / Kent, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3sqf.cif.gz | 97.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3sqf.ent.gz | 76.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3sqf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/3sqf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1nsoS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The biologically active assembly of this protein is a homodimer. The present structure corresponds to the polypeptide chain folded as a monomer. This is not the enzymatically competent unit. There are two monomers in the asymmetric unit (chains A and B) but they do not form a biologically active dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12899.834 Da / 分子数: 2 / 断片: 13 kDa form (UNP residues 163-276) / 変異: C7A, C106A, D26N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mason-Pfizer monkey virus (ウイルス) 遺伝子: pro, prt / プラスミド: pT7Q10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P07570, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.1 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M imidazole, 1 M sodium acetate, 1.2-fold molar excess (relative to dimeric protein) of Pro-Tyr-Val-Pst-Ala-Met-Thr (inhibitor), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8086 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.8086 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.63→43.3 Å / Num. all: 21369 / Num. obs: 21369 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 26.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 14.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A model generated by Foldit players from the NMR coordinates 1NSO 解像度: 1.6324→28.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8579 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: R-free / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: TLS groups selected according to the TLSMD server. H atoms were added at riding positions.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.162 Å2 / ksol: 0.467 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.59 Å2 / Biso mean: 28.9429 Å2 / Biso min: 9.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6324→28.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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