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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ruk | ||||||
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タイトル | Human Cytochrome P450 CYP17A1 in complex with Abiraterone | ||||||
要素 | Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / cytochrome P450 (シトクロムP450) / CYP17A1 (CYP17A1) / P450 17A1 / monooxygenase / 17a-hydroxylase (CYP17A1) / 17 / 20-lyase / heme protein / cytochrome P450 oxidoreductase (P450オキシドレダクターゼ) / Abiraterone (アビラテロン酢酸エステル) / Zytiga / 17a-hydroxylation / membrane (生体膜) / microsome / endoplasmic reticulum (小胞体) / Galeterone / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective CYP17A1 causes AH5 / ステロイド-17α-モノオキシゲナーゼ / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / ステロイド-17α-モノオキシゲナーゼ / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / 神経繊維 / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | DeVore, N.M. / Scott, E.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Structures of cytochrome P450 17A1 with prostate cancer drugs abiraterone and TOK-001. 著者: Devore, N.M. / Scott, E.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ruk.cif.gz | 378.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ruk.ent.gz | 309.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ruk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/3ruk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, S17AH / プラスミド: pCWori+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9 #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-AER / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 3350, 0.175 M Tris, 0.30 M ammonium sulfate, 3% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR, TOROIDAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→40.49 Å / Num. obs: 70364 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 56.2 Å2 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CYP2R1 解像度: 2.6→40.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 13.297 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.368 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.64 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3442 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→40.49 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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