PDB-3rkk: Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Kleb...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rkk

タイトル

Crystal Structure of New Delhi Metallo-Beta-Lactamase-1 from Klebsiella pneumoniae

要素

Beta-lactamase NDM-1

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors /

MTBI (脳震盪)

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process /

beta-lactamase activity /

Β-ラクタマーゼ /

ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Kim, Y. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, T.A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of Apo- and Monometalated Forms of NDM-1 A Highly Potent Carbapenem-Hydrolyzing Metallo-beta-Lactamase
著者: Kim, Y. / Tesar, C. / Mire, J. / Jedrzejczak, R. / Binkowski, A. / Babnigg, G. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2012年3月28日	Group: Database references
改定 1.4	2017年12月20日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rkk.cif.gz	183.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rkk.ent.gz	147.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rk/3rkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rkjC 3sblC 3sfpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w3a-2 1jg4-d 6qgq-1 1m79-1 5a5z-2 2w3m-2 6de4-1 5zgi-d 6qgq-2 6ogo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC105101

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase NDM-1

B: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

51.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase NDM-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.760, 50.862, 70.717
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.98, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase NDM-1 / NDM-1 / Metallo-beta-lactamase NDM-1 分子量: 25100.152 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 39-270 / 変異: Q36N, Q37Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: C7C422, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.17 M Ammonium sulfate 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 % (v/v) Glycerol, 5 mM zinc acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 16892 / Num. obs: 16892 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 709 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→40.65 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	842	5.03 %	random
R_work	0.208	-	-	-
all	0.212	16745	-	-
obs	0.212	16745	97.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.454 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8486 Å²	-0 Å²	10.8873 Å²
2-	-	-7.2363 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.0849 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→40.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3369	0	70	170	3609

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	3570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.615	4857
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.859	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.125	531
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	636

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.35-2.4972	0.4055	124	0.2899	2321	2445	86
2.4972-2.69	0.3131	137	0.228	2704	2857	100
2.69-2.9606	0.3166	136	0.2061	2682	2818	100
2.9606-3.3889	0.2976	167	0.1965	2697	2864	100
3.3889-4.2689	0.2416	150	0.1715	2707	2857	100
4.2689-40.6561	0.2486	128	0.2167	2792	2920	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.035	0.0209	-0.0208	0.0248	-0.0458	0.178	0.0115	-0.0062	0.0327	0.0432	-0.0086	0.01	-0.0305	0.0768	0.0961	0.0542	-0.0123	0.0411	0.0117	0.0315	-0.0524	-0.279	10.9716	28.4679
2	0.0587	0.0194	0.0315	0.2537	0.0383	0.023	-0.0499	0.0865	-0.0357	0.044	0.0487	-0.1184	0.0126	0.0573	0.0016	0.0747	-0.0107	0.0052	0.0987	-0.0075	0.0861	5.7136	-3.2047	24.2806
3	0.0228	0.0128	0.042	0.1764	-0.0339	0.1573	-0.0536	0.0468	-0.0624	-0.0298	-0.0137	-0.1611	-0.0105	0.0704	-0.0412	0.0797	-0.0168	0.0112	0.0495	-0.0168	0.1096	-7.9402	-10.1212	19.3427
4	0.0873	0.0005	0.0839	0.0647	-0.0469	0.1144	-0.0393	0.0163	0.0193	0.0078	-0.0398	-0.0084	0.0572	-0.0043	-0.0865	0.0868	-0.0466	-0.0111	0.0327	0.0176	0.1581	26.2428	-37.6942	5.2085
5	0.0008	-0.0071	0.0053	0.0654	-0.0569	0.0798	-0.002	0.0207	0.0189	-0.0188	-0.0399	-0.0702	0.0231	0.0573	0.0085	0.0759	-0.0208	0.0498	0.1492	-0.0417	0.1664	15.2215	-33.6761	2.7654
6	0.2742	0.0039	0.0053	0.0128	-0.008	0.0038	-0.0086	0.0082	-0.058	-0.0146	0.0557	-0.0687	0.0077	0.0196	0.0327	0.0453	-0.0294	0.008	0.0774	0.0191	0.1765	22.8402	-30.2538	10.0262
7	0.118	0.0866	0.0183	0.0691	0.0375	0.0805	0.0123	-0.0078	-0.0414	-0.0029	0.0416	-0.0298	0.016	-0.0096	0.1446	0.0287	0.0088	0.0455	0.0436	0.0305	0.1303	20.9999	-34.0129	14.7987
8	0.0535	0.0232	-0.0467	0.019	-0.0118	0.0591	-0.0202	0.0134	-0.0238	0.0201	0.0003	0.0433	-0.003	-0.0362	-0.0633	0.0204	0.0008	0.0567	0.0514	0.0221	0.0926	13.5566	-20.8284	20.2463
9	0.0121	0.0108	-0.0324	0.0383	-0.0507	0.1012	-0.0023	0.0126	0.01	-0.0414	0.0204	0.0169	0.0297	-0.0453	0.1027	0.1108	0.0329	-0.0825	0.1303	-0.0881	0.1176	20.8143	-15.057	15.3657
10	0.018	0.0043	0.0092	0.048	0.0223	0.0137	-0.0061	0.0136	-0.0249	-0.0109	0.0147	-0.0654	0.0217	0.005	-0.0082	0.1986	-0.0751	0.0638	0.0788	-0.0376	0.1324	21.8664	-19.0238	2.4605
11	0.0007	-0.0079	-0.0062	0.1106	0.049	0.0543	0.0035	-0.0116	0.0015	0.0335	-0.0101	0.0424	0.0215	-0.0069	0.0246	0.1322	-0.0521	-0.0079	0.1012	-0.0665	0.1239	10.616	-11.7327	2.903
12	0.0861	0.0044	-0.0645	0.1306	0.1018	0.134	0.0538	-0.0307	-0.0631	-0.0027	0.064	0.104	-0.011	-0.0525	0.0839	0.1225	-0.0236	-0.0319	0.1015	0.0435	0.096	23.2447	-19.9121	-0.1922
13	0.1304	0.039	0.0712	0.1191	0.0445	0.0595	0.0168	0.0438	0.0074	0.0321	0.0135	-0.0031	-0.0175	-0.0191	-0.0052	0.1025	0.0347	0.0336	0.1187	0.032	0.1559	13.2971	-9.961	-4.1177

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 44:118)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 119:215)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 216:270)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 45:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 58:70)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 71:94)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 95:137)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 138:166)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 167:194)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 195:215)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 216:239)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 240:255)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 256:270)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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