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- PDB-3rjm: CASPASE2 IN COMPLEX WITH CHDI LIGAND 33c -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rjm
タイトルCASPASE2 IN COMPLEX WITH CHDI LIGAND 33c
要素
  • (Caspase-2カスパーゼ-2) x 2
  • Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / caspase-2 (カスパーゼ-2) / p12 / p19 / caspase (カスパーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


カスパーゼ-2 / endopeptidase complex / neural retina development / NADE modulates death signalling / luteolysis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / ectopic germ cell programmed cell death ...カスパーゼ-2 / endopeptidase complex / neural retina development / NADE modulates death signalling / luteolysis / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / execution phase of apoptosis / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / ectopic germ cell programmed cell death / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / positive regulation of apoptotic signaling pathway / apoptotic signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / protein processing / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / DNA damage response / 核小体 / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
カスパーゼ-2 / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 ...カスパーゼ-2 / Caspase recruitment domain / Caspase-like / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Rossmann fold - #1460 / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO / カスパーゼ-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Abendroth, J. / Lorimer, D. / Stewart, L. / Maillard, M. / Kiselyov, A.S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Exploiting differences in caspase-2 and -3 S(2) subsites for selectivity: Structure-based design, solid-phase synthesis and in vitro activity of novel substrate-based caspase-2 inhibitors.
著者: Maillard, M.C. / Brookfield, F.A. / Courtney, S.M. / Eustache, F.M. / Gemkow, M.J. / Handel, R.K. / Johnson, L.C. / Johnson, P.D. / Kerry, M.A. / Krieger, F. / Meniconi, M. / Munoz-Sanjuan, I. ...著者: Maillard, M.C. / Brookfield, F.A. / Courtney, S.M. / Eustache, F.M. / Gemkow, M.J. / Handel, R.K. / Johnson, L.C. / Johnson, P.D. / Kerry, M.A. / Krieger, F. / Meniconi, M. / Munoz-Sanjuan, I. / Palfrey, J.J. / Park, H. / Schaertl, S. / Taylor, M.G. / Weddell, D. / Dominguez, C.
履歴
登録2011年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caspase-2
B: Caspase-2
C: Caspase-2
D: Caspase-2
E: Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO
F: Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,8866
ポリマ－65,8866
非ポリマー00
水3,963220
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17850 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.770, 97.380, 97.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A9 - 157
2114C9 - 157
1214A402 - 406
2214C402 - 406
1124B207 - 303
2124D207 - 303

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Caspase-2 / カスパーゼ-2 / CASP-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 2 / NEDD-2 / ...CASP-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 2 / NEDD-2 / Protease ICH-1 / Caspase-2 subunit p18 / Caspase-2 subunit p13 / Caspase-2 subunit p12


分子量: 18992.535 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 167-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP2, Caspase-2, ICH1, NEDD2, p19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42575, カスパーゼ-2
#2: タンパク質 Caspase-2 / カスパーゼ-2 / CASP-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 2 / NEDD-2 / ...CASP-2 / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 2 / NEDD-2 / Protease ICH-1 / Caspase-2 subunit p18 / Caspase-2 subunit p13 / Caspase-2 subunit p12


分子量: 13336.546 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 348-452 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP2, Caspase-2, ICH1, NEDD2, p12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42575, カスパーゼ-2
#3: タンパク質・ペプチド Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: CASPASE inhibitor / 分子量: 613.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 参照: Peptide inhibitor (ACE)VDV(3PX)D-CHO
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3246.98
2
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 3500, 100MM MES PH 6.5 - PH 7.0, SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月15日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 20552 / Num. obs: 20535 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 13.47
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 1468 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1pyo

1pyo


解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 9.192 / SU ML: 0.204 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.306 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1040 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.19 20535 --
obs0.19 20375 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4077 0 0 220 4297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0214183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.9615669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8513.0016820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2245521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68523.586198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3915681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7851530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.581.52613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1071.51057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13524181
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5931568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6484.51480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1980medium positional0.310.5
22B1273medium positional0.270.5
11A1980medium thermal0.522
22B1273medium thermal0.532
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 81 -
Rwork0.215 1379 -
obs-1468 99.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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