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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3re5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of R4-6 streptavidin | ||||||
要素 | Streptavidinストレプトアビジン | ||||||
キーワード | BIOTIN BINDING PROTEIN / Streptavidin variants / improved desthiobiotin binding / opened loop destabilization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å | ||||||
データ登録者 | Malashkevich, V.N. / Magalhaes, M. / Czecster, C.M. / Guan, R. / Levy, M. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011 タイトル: Evolved streptavidin mutants reveal key role of loop residue in high-affinity binding. 著者: Magalhaes, M.L. / Czekster, C.M. / Guan, R. / Malashkevich, V.N. / Almo, S.C. / Levy, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3re5.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3re5.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3re5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3re5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/3re5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15996.406 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 37-164 / 変異: T90S,W108V,L110T,F29L,R53S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: P22629 |
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#2: 化合物 | ChemComp-1PE / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 MgCl2, 0.1 HEPES, pH 7.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.949→20 Å / Num. obs: 11127 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.949→1.98 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3RDS 解像度: 1.949→19.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2166 / WRfactor Rwork: 0.1861 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8291 / SU B: 7.761 / SU ML: 0.103 / SU R Cruickshank DPI: 0.1599 / SU Rfree: 0.1457 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.26 Å2 / Biso mean: 30.733 Å2 / Biso min: 10.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.949→19.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -13.6695 Å / Origin y: -24.7021 Å / Origin z: -2.3005 Å
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精密化 TLSグループ |
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