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- PDB-3r4s: Cell entry of botulinum neurotoxin type C is dependent upon inter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r4s
タイトルCell entry of botulinum neurotoxin type C is dependent upon interaction with two ganglioside molecules
要素Botulinum neurotoxin type C1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Botulinum Toxins / gangliosides (ガングリオシド)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host neurotransmitter secretion / ganglioside binding / Toxicity of botulinum toxin type C (botC) / membrane protein proteolysis / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / ボツリヌストキシン / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Clostridium neurotoxin, translocation / Clostridium neurotoxin, Translocation domain / Clostridium neurotoxin, translocation domain / Clostridial neurotoxin zinc protease / Botulinum/Tetanus toxin, catalytic chain / Clostridium neurotoxin, receptor binding N-terminal / Clostridium neurotoxin, receptor-binding C-terminal / Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding / Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Jelly Rolls - #200 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetyl-beta-neuraminic acid / Botulinum neurotoxin type C
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Strotmeier, J. / Gu, S. / Jutzi, S. / Mahrhold, S. / Zhou, J. / Pich, A. / Bigalke, H. / Rummel, A. / Jin, R. / Binz, T.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2011
タイトル: The biological activity of botulinum neurotoxin type C is dependent upon novel types of ganglioside binding sites.
著者: Strotmeier, J. / Gu, S. / Jutzi, S. / Mahrhold, S. / Zhou, J. / Pich, A. / Eichner, T. / Bigalke, H. / Rummel, A. / Jin, R. / Binz, T.
履歴
登録2011年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Botulinum neurotoxin type C1
B: Botulinum neurotoxin type C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0586
ポリマ－102,8212
非ポリマー1,2374
水15,673870
1
A: Botulinum neurotoxin type C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0293
ポリマ－51,4101
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Botulinum neurotoxin type C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0293
ポリマ－51,4101
非ポリマー6192
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.381, 77.047, 108.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Botulinum neurotoxin type C1 / BoNT/C1 / Bontoxilysin-C1 / Botulinum neurotoxin C1 heavy chain


分子量: 51410.348 Da / 分子数: 2 / 断片: HcC domain, UNP residues 867-1291 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18640, ボツリヌストキシン
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸 / N-アセチルノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸 / シアル酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 870 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 10%(v/v)PEG4000, 0.1M sodium citrate(pH4.4), 3% 6-aminohexanoic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→44.3 Å / Num. obs: 78700 / % possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→44.286 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 3951 5.02 %RANDOM
Rwork0.1684 ---
obs0.1703 78700 99.63 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.196 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9445 Å20 Å2-0.9023 Å2
2--5.7539 Å2-0 Å2
3----4.8094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6954 0 84 870 7908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0139742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8532578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1503-2.22710.2823840.21687315X-RAY DIFFRACTION99
2.2271-2.31630.25583950.19757445X-RAY DIFFRACTION99
2.3163-2.42170.25174000.1897419X-RAY DIFFRACTION100
2.4217-2.54940.21063570.17837468X-RAY DIFFRACTION100
2.5494-2.70910.22823830.18517458X-RAY DIFFRACTION100
2.7091-2.91820.22854070.18197436X-RAY DIFFRACTION100
2.9182-3.21180.22083990.17057508X-RAY DIFFRACTION100
3.2118-3.67640.19233830.15777539X-RAY DIFFRACTION100
3.6764-4.63110.16014230.13177502X-RAY DIFFRACTION100
4.6311-44.29530.18024200.16057660X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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