+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3q4h | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the Mycobacterium smegmatis EsxGH complex (MSMEG_0620-MSMEG_0621) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI (第四インターナショナル) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / 4-helix bundle / WXG100 motif / ESAT-6/ CFP-10 family / UNKNOWN FUNCTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Ahn, C. / Zhou, T.T. / Nguyen, L. / Shin, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Arbing, M.A. ...Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Ahn, C. / Zhou, T.T. / Nguyen, L. / Shin, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions. 著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3q4h.cif.gz | 132.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3q4h.ent.gz | 112.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3q4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q4/3q4h | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10221.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0620 / プラスミド: pMAPLe3, pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QQ43 #2: タンパク質 | 分子量: 11829.669 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_0621 / プラスミド: pMAPLe3, pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: A0QQ44 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 460mM K-Na-Tartrate, 35% Glycerol, 95mM HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→80 Å / Num. all: 12416 / Num. obs: 46063 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1231 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 23.617 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.661 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.436 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→80 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|