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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ogi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis H37Rv EsxOP complex (Rv2346c-Rv2347c) | ||||||
要素 |
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キーワード | Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI (第四インターナショナル) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / WXG100 / Secreted (分泌) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.549 Å | ||||||
データ登録者 | Arbing, M.A. / Chan, S. / Zhou, T.T. / Ahn, C. / Harris, L. / Kuo, E. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI) / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Heterologous expression of mycobacterial Esx complexes in Escherichia coli for structural studies is facilitated by the use of maltose binding protein fusions. 著者: Arbing, M.A. / Chan, S. / Harris, L. / Kuo, E. / Zhou, T.T. / Ahn, C.J. / Nguyen, L. / He, Q. / Lu, J. / Menchavez, P.T. / Shin, A. / Holton, T. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ogi.cif.gz | 117.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ogi.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ogi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/3ogi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11031.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT2411, MTCY98.15c, Rv2346c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95242, UniProt: P9WNI7*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 11497.335 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: MT2412, MTCY98.16c, Rv2347c / プラスミド: pMAPLe3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95243, UniProt: P9WNI5*PLUS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Reservoir: 9.0% isopropanol, 200 mM CaCl2, 90 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6. Protein buffer: 50 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl. Ratio = 2:1 protein solution to reservoir solution, VAPOR ...詳細: Reservoir: 9.0% isopropanol, 200 mM CaCl2, 90 mM sodium acetate trihydrate pH 4.6. Protein buffer: 50 mM HEPES pH 7.8, 150 mM NaCl. Ratio = 2:1 protein solution to reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918, 0.97938 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月26日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE CRYSTAL プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 25291 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 55.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 96.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.549→28.307 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.073 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.549→28.307 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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