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- PDB-1hcn: STRUCTURE OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN AT 2.6 ANGSTROMS RESOLU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hcn
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION FROM MAD ANALYSIS OF THE SELENOMETHIONYL PROTEIN
要素(HUMAN CHORIONIC GONADOTROPINヒト絨毛性ゴナドトロピン) x 2
キーワードHORMONE (ホルモン)
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Hormone ligand-binding receptors / 性腺刺激ホルモン ...follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Hormone ligand-binding receptors / 性腺刺激ホルモン / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / negative regulation of organ growth / thyroid hormone generation / regulation of signaling receptor activity / organ growth / thyroid gland development / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone-mediated signaling pathway / hormone activity / Golgi lumen / cell-cell signaling / G alpha (s) signalling events / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. ...Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein hormones alpha chain / Choriogonadotropin subunit beta 7 / Choriogonadotropin subunit beta 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wu, H. / Lustbader, J.W. / Liu, Y. / Canfield, R.E. / Hendrickson, W.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Structure of human chorionic gonadotropin at 2.6 A resolution from MAD analysis of the selenomethionyl protein.
著者: Wu, H. / Lustbader, J.W. / Liu, Y. / Canfield, R.E. / Hendrickson, W.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: The Expression, Characterization and Crystallization of Wild-Type and Selenomethionyl Hcg
著者: Lustbader, J.W. / Wu, H. / Birken, S. / Pollak, S. / Kolks, M.A.G. / Pound, A.M. / Austin, D. / Hendrickson, W.A. / Canfield, R.E.
履歴
登録1994年7月1日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
B: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2094
ポリマ－25,7672
非ポリマー4422
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA
2
A: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
B: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
ヘテロ分子

A: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
B: HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4188
ポリマ－51,5334
非ポリマー8854
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area11330 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.100, 85.100, 177.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO B 50

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要素

#1: タンパク質 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN / ヒト絨毛性ゴナドトロピン


分子量: 10217.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01215
#2: タンパク質 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN / ヒト絨毛性ゴナドトロピン


分子量: 15548.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 参照: UniProt: P01233, UniProt: P0DN86*PLUS
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.84 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.6→5 Å / σ(F): 3
詳細: HOH 301 MIGHT BE SO4, BUT NO ATTEMPT WAS MADE TO MODEL IT AS S04.
Rfactor反射数
Rwork0.199 -
obs0.199 8876
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 28 63 1553
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.4981
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it6.8321.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.1241.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.7132
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.030.052
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.050.066
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.026
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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